公司将股权转让给第三方，股权转让所得涉及企业所得税、营业税、契税、印花税等相关问题。根据《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》规定：三、关于股权转让所得确认和计算问题：企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。股权转让所得扣除为取得股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中股权可能分配的金额。2、根据《国家税务局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》（国税发行）〔1991〕155号）第十条规定，财产所有权转让书的征税范围包括政府管理机关登记的动产、房地产所有权转让书和企业股权转让书。因此，股权转让应按产权转让书据的万分之五贴花。3、个人转让股权的，还需要缴纳个人所得税。根据《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第一章、第四条，个人转让股权，以股权转让收入减去股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按财产转让所得缴纳个人所得税。合理费用是指股权转让时按规定支付的相关税费。根据《中华人民共和国个人所得税法》第三条第五点，特许权使用费所得、利息、股息、红利所得、财产租赁所得、财产转让所得、偶然所得和其他所得适用于20％的税率。

公司转让的概念

公司转让是指，一家公司不需要解散而将其经营活动的全部（包括所有资产和负债）或其独立核算的分支机构转让给另一家企业，以换取代表接受企业资本的股权（包括股份或股票等），包括股份公司的法人股东以其经营活动的全部或其独立核算的分支机构向股份公司配购股票。企业整体资产转让原则上应在交易发生时，将其分解为按公允价值销售全部资产和进行投资两项经济业务进行所得税处理，并按规定计算确认资产转让所得或损失。

《中华人民共和国个人所得税法》第二条

下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

（一）工资、薪金所得；

（二）劳务报酬所得；

（三）稿酬所得；

（四）特许权使用费所得；

（五）经营所得；

（六）利息、股息、红利所得；

（七）财产租赁所得；

（八）财产转让所得；

（九）偶然所得。

居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。