一、独立性与公正性受到挑战

司法鉴定是科学的实证活动，从事司法鉴定的机构和人员应当保持中立的社会角色。而在刑事侦查阶段，由公安机关内部的法医鉴定中心进行鉴定，容易导致司法鉴定的暗箱操作，造成司法不公。在司法鉴定中当事人只有申请鉴定人回避的权利，而没有对司法鉴定机构申请回避的权利。而公安内部司法鉴定中心同公安部门同属一个系统，有一定的隶属关系，有可能会互相包庇，难免导致群众对该鉴定机构的信任度下降，影响了法医鉴定的独立性与公正性。

二、程序的公正，才能保证实体的公正

在刑事鉴定中，程序不规范，不透明，没有有效的考核制度，更没有有效的管理与监督机制，使法医鉴定程序的公正性受到质疑。而且在鉴定程序方面没有统一的规范，鉴定人的随意性较大，有可能使鉴定结论与事实有所出入。

三、检察院与上级公安机关的监督权难以得到实现

虽然检察院有行驶侦查监督的权利，上级公安机关对下级公安机关有监督检查的权利。而法律法规并没有对有重大且有明显瑕疵的鉴定结论赋予当事人明确的、法定的选择鉴定机构的权利，也没有对公安机关应在何期限内给予答复作出具体的规定，势必造成公安机关无期限的拖延，造成被害人家属的无奈与痛苦！收起一是两者的成立依据法源不同：司法鉴定所是依据2005年2月全国人民代表大会常务委员会通过的《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》规定而设立；公安局法医检验所(一般叫叫法医鉴定中心)是依据《刑事诉讼法》第105条规定“为了确定被害人、犯罪嫌疑人的某些特征、伤害情况或者生理状态，可以对人身进行检查。被告人如果拒绝检查，侦查人员认为有必要的时候，可以强制检查。检查妇女的身体，应当由女工作人员或者医师进行。”而设立。

二是隶属关系不同：

法医鉴定中心是公安机关的内设机构，由公安机关管理；司法鉴定所是依法成立(具备法定条件都可以成立)，由司法机关管理(国务院司法行政部门主管全国鉴定人和鉴定机构的登记管理工作。省级人民政府司法行政部门依照本决定的规定，负责对鉴定人和鉴定机构的登记、名册编制和公告)。

三是业务范围不同：

法医鉴定是以活体损伤的鉴定工作为主要研究对象，运用临床医学的理论与技术，研究并解决涉及法律问题的人体伤、残及其他生理、病理等问题；司法鉴定则包括了，物，事等鉴定对象，涉及更广泛。

四是受鉴时限宽度不同：

法医鉴定须及时鉴定，多为临事临床鉴定，而司法鉴定可以事后进行，相对时间宽度要大的多。司法鉴定所与公安局法医检验所都是具有法律效力的鉴定机构。司法鉴定机构的鉴定内容远远超过公安局法医检验所，具有广泛性。公安局法医检验所则具有局限性。当民事案件需要认定鉴定意见时，当事者可以对已经做了鉴定结果的鉴定书提出异议，申请由法院出面委托上一级鉴定机构或者大家认为具有影响力的鉴定机构再行鉴定。