从1996年全国人大常委会法工委着手行政许可法的调研、起草开始算起，到起草工作移交给国务院法制办接手，再到起草的阶段性成果为行政审批制度改革所利用，最终到全国人大常委会四次对草案进行审议并通过，行政许可法的制定历时七年，其时间之长，讨论次数之多，改动幅度之大，参与面之广，在我国近年来的行政法立法中是非常罕见的。正因为如此，行政许可法在许可的设定、程序、监督与责任等方面，均颇多创新，必然会对我国的政府职能转变和依法行政产生深远的影响。

当然，兴奋与激动之余，还是应该保持清醒的头脑。尤其应该看到，实施行政许可法，肯定会面临诸多挑战与问题。

这种挑战，首先来自于法律规范与社会发展之间的不同步。虽然行政许可法体现了个人自治、市场优先、自律优先、事后机制优先等立法精神，但是，由于长期历史传统的影响和改革过程的复杂性，政府权力过大的弊端依然没有实质性的改变。一些地方和部门仍然习惯于管字当头，崇拜政府过渡干预，甚至将管理当作谋取不当利益的手段。这种情况如果不能加以改变，行政许可法的立法精神在实践中必然会发生扭曲。

这种挑战，同样也来自于行政许可法本身的局限性。比较研究可以发现，各国对行政许可的规范基本上都是通过单个法律在漫长的时间里逐个实现的，没有一个发达国家制定过我们这样的行政许可法，对所有的行政许可进行统一的规范。我国的国情决定了我们必须实现跨越式发展，建立统一的行政许可制度。这种发展模式同时也决定了行政许可法所固有的局限性，它只能是原则性的规定，不能为每一种不同的情况提供具体的答案。例如，对于哪些事项可以设定许可，哪些事项不得设定许可，行政许可法只能作非常概括性的原则规定，具体判断需要由许可的设定机关确定。实践中，许可的设定机关和实施机关如果不能很好地把握行政许可法的精神，就很有可能使法律的原则性规定流于形式。

这种挑战，还会来自于既得利益集团的抵制和制度之间的联动效应。由于行政许可涉及到权利与利益的分配与再分配，必然会引起既得利益集团的抵制，并设法规避法律的制约。从行政处罚法制定后某些处罚措施被升格、改头换面，行政审批制度改革中某些审批事项被捆绑、分拆或变性，收容审查制度被废除后劳动教养案件大幅增加的经验来看，绝对不可低估这种规避与联动效应的可能。尤其是取消了草案对许可的分类以后，实践中如何识别不同形式的许可，并防止许可被废止后向其他形式转化，都将会是异常艰巨的挑战。

这种挑战，当然也来自于与对立法技术的更高要求。行政许可，尤其是经济类行政许可，是在市场机制失灵的情况下，由政府对资源进行的一种行政性配置。然而，与市场失灵一样，政府干预也有失灵的可能。这种情况下，必须对政府干预的合理性进行科学的成本效益分析，防止行政许可过多对市场活动的过度干预。因此，从合理性角度看，许可是否应该设定，主要不应该取决于设定机关的层级，而是取决于许可本身的合理性，取决于对许可事项的成本效益分析。从国际经验来看，这种合理性分析近年来已经成为一种全球性的普遍趋势。应该承认，行政许可法对许可设定真正管用的措施主要集中在合法性环节，而不是合理性环节。实践中，如何在合法性的基础上，充实合理性制度设计，真正使行政许可不但合法，而且合理，显然会对立法技术提出更高的要求。如果不能做到合法与合理的统一，行政许可法的功效必然会大打折扣，甚至会影响到法律的实施。

由此可见，行政许可法的制定，仅仅只是一个开始。实施行政许可法，任重而道远。要使行政许可法真正实现其立法目的，需要克服更多、更艰巨的挑战与困难。