1．对于国有股权的评估的认识不够到位。

有时候甚至存在先签订股权转让协议后补办资产评估手续的情况，使得国有股权的资产评估流于形式，造成国有资产的大量流失。

2．对国有股权评估的内容不完整、不科学。

由于无形资产的评估较为困难，在评估过程中会出现漏估、定价不准和虚假评估的现象，而使国有股权转让的实际价格远远低于现实的价值。无形资产从形象上看它不具有实物性，一般都依附于有形财产，当被依附的有形资产发生变化时，对应的无形资产才会发生变化。从价值上看，它具有不完全确定性，企业无形资产实际价值随时间的变化幅度要大于有形资产的变化幅度。而且无形资产的流失具有很大隐蔽性，客观上无形资产流失了，在财务报表上却不能发现有什么对应的数字变化，也不会在管理场所发现少了什么实物。

3．资产评估机构不独立，公正性较差。

我国无形资产评估组织虽然近年来得到较大发展，但管理相对滞后，还很不完善，行政干预行为时有发生。无形资产评估市场大，利润高，诱惑力强，一些行政部门纷纷出动，极力把无形资产评估管理的权限控制在自已手中，于是各自为政，令出多门，加剧了评估市场的混乱。由于缺乏统一的法律及权威的管理部门，评估市场的混乱给评估机构可乘之机。这些机构有的是社会中介组织，但也有的是依托其行政主管机关，，或是上级主管衍生新的所谓“中介组织”。他们垄断某一行业的评估市场，使其他机构失去竞争机会，违背评估的市场规律，所作结论难以客观公正，从而失去其权威性。同样的国有股权，在不同的评估机构评估可能会出现很大的差异。这些无形资产评估机制的不完善，给国有股权转让带来了很大的问题。

4．评估标准不统一，方法不科学，误差大。

世界上有许多国家和地区，对无形资产评估制定有统一的标准，在我国，目前还没有统一的《国有无形资产评估法》，更没有无形资产评估的实施细则。无形资产评估缺乏量化标准，很难精确提供客观数据，无形资产评估结果往往误差很大，超过国际认可的20％的可接受界限，人们对评估的公正性、客观性心存疑虑。