1、系统性风险

因为小额贷款公司所主要针对的是“农户”和小企业，从目前已有的实践来看，针对农户生产经营中的特殊周期，小额贷款公司可能面临相应的系统性风险。

基于平遥等地区的试点可以发现，由于受农业经营的特点而可能受到的影响较大。一是受种植业和养殖业本身生产过程的限制，农业自然灾害对农户的生产经营影响较大。如出现的自然灾害，造成的农户损失就会影响贷款的收回。另一个突出的问题是，受制于小规模、分散经营方式的信息匮乏的因素，造成农产品价格及供求信息较为稀缺，使借款农户所面临的市场风险较为严重，而受自然灾害风险和市场风险制约的农户的整体经营能力低下，使得为其提供贷款的小额贷款公司必然承担着较大的系统性风险。

2、违约风险

违约风险是指因借款人恶意违背贷款合同的约定，致使贷款到期无法偿还所形成的风险。一般而言，由于信息不对称而容易形成违约风险。但通过对已经试点的小额贷款公司的实践发现，由于借款人恶意违约而造成所发放的贷款无法收回的情况较少。这主要是因为借款农户与小额贷款公司都相处于一个相对封闭的区域内，使得公司能以多种方式了解借款农户的经营情况，同时，由于这种人员的低流动性及农村固有的道德约束力，因农户违约而造成贷款无法收回的相对较少。

但小企业不同于流动性较小的农户，如何使小企业在贷款合同的违约风险大大降低却是一个新的问题。仅靠小额贷款公司自身去加强约束是否可行值得探讨。因为小额贷款公司自身运营成本并未给从事追贷提供足够的空间，而确保违约率下降又关乎贷款公司能否切实控制风险的根本性问题。必须有可行的制度才能最大程度的降低风险，保证贷款合同的正常履行。

（三）监管主体不明确可能形成的监管缺失造成的风险

小额贷款公司作为一种新型的向农村及小企业提供资金的特殊的商事主体，有必要对其经营进行严格监管，以防控经营过程中的各种风险。

（四）资金注入渠道单一造成的增资障碍

目前小额贷款公司的资金注入仅可以通过入股与向银行融资的两种方式，但因小额贷款公司在经营中仅可以“只贷不存”，相比较于商业银行可以吸收公众存款来充实资金的方式，其资金注入渠道相对单一，而且小额贷款公司正因为其贷款操作较为简便，较之于传统的商业银行更有市场，这就必然使其贷款余额在短期内就容易达到有关规定所允许的上限。如此一来，如何尽最大可能发挥设立小额贷款公司的融资功能就成为一个很现实的问题。