公司合并协议的条款主要包括以下内容：

1、合并合同的主要条款应当包括：合并各方当事人。既包括合同的主体订立合并合同、参加公司合并的各方公司，还包括合并后存续的公司或新设的公司。合并合同中要写明这些公司的名称及住所等。合并的方式。合同中合并的方式，应当是按法律形态进行的具有法律意义的分类形式，即吸收合并或新设合并。合并的对价。合并对价即合并中存续公司或新设公司为取得消失公司财产而支付的对价。合并对价的基本形式有两种股票和现金形式。合并各方的资产、债权债务状况。合并各方的资产、债权债务状况是决定合并价格的基本要素，对合并价格的科学确定，对合并是否成功具有重要意义。因此，合同中应对此做出明确的记载。职工安置办法。由于合并中存续公司的职工利益受到合并影响的程度要小得多，所以职工安置办法条款只适用因合并而消失的公司。

2、合并合同还应包括下列条款：合并后的公司章程。在股票对价形式的吸收合并中，存续公司要增发新股、增加资本，进而引起公司章程的变更。此时，可规定公司章程的修改条款。在新设合并中，则要对新设公司章程的主要内容做出规定。存续公司的新增股份、新设公司的股份情况。吸收合并中，存续公司若增发新股，则可在合同中规定增发的数量、每股金额、股份种类等。在新设合并中，可在合同中对新公司预发行的股份总数、每股金额、股份种类等做出规定。资本和公积金。公司合并中，往往会发生资本和公积金变化，因此合并合同中可以对其做出规定。公司董事的事项。因公司合并给公司董事带来了重大变化，可能也涉及章程中关于董事条款的变化，因此，合同中应对董事的规定包括董事的选任、报酬等问题。公司职员事项。因合并往往会带来公司职工劳动关系的变动。为了妥善处理这一问题，明确相关各方的权利义务，应就职工的劳动关系及解除劳动关系的手续和经济补偿金做出约定。财产的交接与交接前财产的管理。合并合同应对财产交换的方式、时间、地点及财产保管进行规定。合并程序及合并日期。合并合同可以对合并程序履行主体、方式、时间等进行规定，以便合并程序有效进行。合并合同的变更、解除。合同中应对合同内容的变更、解除做出规定，包括变更、解除的条件、程序等。此外，合同中还应对违约责任做出约定，明确违约应承担的法律后果，以利于合同的履行，还应对合同争议的解决做出规定，明确一旦发生争议通过法院或者仲裁解决。