当事人若在确权时才发现土地被侵占的，可以对侵权行为人协商处理，协商不成的，可以直接向人民法院提起诉讼主张权利。我国《土地管理法》规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。

一、农村公用土地被私人占用怎么办?

双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解，或去法院起诉。非法占用土地是指单位或者个人未经批准擅自占用土地、采取欺骗手段骗取批准占用土地以及超过批准的数量多占土地的违法行为。农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设。

二、农村非耕地建厂房有哪些政策

农村非耕地建设厂房是没有政策的。而且非耕地搭建厂房，如果不依法办理修建的审批手续，是属于违法建筑。另外没有经过批准的商户，非法占用土地的，便由县级以上的人民政府，关于土地管理的相关行政主管部门责令其退还非法占用的土地，对违反土地的利用总体规划，进而擅自将农用地改为建设用地的，责令其在限期内拆除在非法占用的土地上，新建的建筑物以及其他的相关设施。

三、对于未经同意占用他人土地怎么处理

未经同意，擅自占用他人土地的，属于土地侵权的违法行为。根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，处理方式如下：1、未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款;对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分;构成犯罪的，依法追究刑事责任。超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处。2、农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。超过省、自治区、直辖市规定的标准，多占的土地以非法占用土地论处。