专利局会发给申请人进入实质审查阶段通知书．如果申请人没有办妥实审请求手续，那么专利局则等待申请人办理实审请求手续；从申请日起满三年，申请人未提出实审请求的或者实审请求未生效的，申请即被视为撤回。

进入实审程序的申请将按照进入实审程序的先后顺序等待实审。在实审中，审查员将在检索的基础上对专利申请是否具备新颖性、创造性、实用性以及专利法规定的其它实质性条件进行全面审查。经审查，认为不符合授权条件的，或者存在各种缺陷的，应当通知申请人在规定的时间内陈述意见或进行修改（答复第一次审查意见通知书的期限是4个月）。申请人在指定期限内未答复的，申请被视为撤回。经至少一次答复或修改后，申请仍不符合要求的，予以驳回。由于实审的复杂性，审查周期一般要1年或更长时间。

发明专利申请在实质审查中未发现驳回理由的，或者经申请人修改和陈述意见后消除了缺陷的，审查员将制作授权通知书，申请按规定进入授权准备阶段。

一、专利实质审查法律规定

根据专利法第三十五条的规定，专利局对发明专利申请进行实质审查。

对发明专利申请进行实质审查的目的在于确定发明专利申请是否应当被授予专利权，特别是确定其是否符合专利法有关新颖性、创造性和实用性的规定。

根据专利法第三十五条第一款的规定，实质审查程序通常由申请人提出请求后启动。根据该条第二款的规定，实质审查程序也可以由专利局启动。

根据专利法第三十九条的规定，发明专利申请经实质审查没有发现驳回理由的，专利局应当作出授予发明专利权的决定。

二、专利实质审查程序

1、对发明专利申请进行实质审查后，审查员认为该申请不符合专利法及其实施细则的有关规定的，应当通知申请人，要求其在指定的期限内陈述意见或者对其申请进行修改；审查员发出审查意见通知书（包括分案通知书）和申请人答复可能反复多次，直到申请被授予专利权、被驳回、被撤回或者被视为撤回；

2、对经实质审查没有发现驳回理由、或者经申请人陈述意见或修改后消除了原有缺陷的发明专利申请，审查员应当发出授予发明专利权的通知；

3、发明专利申请经申请人陈述意见或者修改后，仍然存在通知书中指出过的属于专利法实施细则第五十三条所列的缺陷的，审查员应当予以驳回；

4、申请人无正当理由对审查意见通知书、分案通知书或者提交资料通知书逾期不答复的，专利局应当发出申请被视为撤回通知书。

此外，根据需要，审查员还可以按照审查指南的规定在实质审查程序中采用会晤、电话讨论和现场调查等辅助手段。