限期治理作为我国一项重要的环境法律制度，是环境执法经常使用的手段之一。但在执法实践中，一部分被要求进行限期治理的企业，认为在整顿最后期限来临以前不会有人再来查，因此无所顾忌地生产和超标排污，使得限期治理在某一段时间里成了免罚的代名词。

目前，基层环保部门将限期治理视为行政处罚措施是一种较为普遍的观点。其依据主要在于：《大气污染防治法》和《水污染防治法》都将限期治理规定在法律责任一章中;法律还规定，向大气、水体超标排放污染物是一种违法行为。

限期治理具备了一定的制裁性或惩罚性的特征，但并不具备行政处罚的本质属性。其原因在于以下几点：

首先，《大气污染防治法》和《水污染防治法》规定的法律责任并不意味着就是行政处罚。限期治理规定位于法律责任一章只能表明其为环境行政法律责任的一种，但无法证明相对人的这种法律责任就是行政处罚。这是因为，环境管理相对人承担法律责任的方式并不是只有行政处罚这一种。所以，不能仅仅因为限期治理规定在法律责任章节中，或与罚款、责令关闭等行政处罚种类并列，就据此推断限期治理是行政处罚。

其次，根据《大气污染防治法》和《水污染防治法》的有关规定，超标排放污染物的行为是一种违法行为，但这只是满足了构成行政处罚的一个要件，即行为违法性。判断限期治理是否为行政处罚，关键在于如何理解行政处罚行为的制裁性。行政法学界通常认为，在行政处罚中，制裁就是剥夺、限制违法者的权利，或者处以违法者新的义务负担。显然，限期治理是要求相对人履行其达标排放污染物的原有义务，既没有对相对人加以新的义务负担，也没有剥夺或限制相对人的财产权利和人身权利。所以，其不具备制裁性，并非行政处罚。

此外，限期治理是超标排污者承担的一种法律责任，但法律责任只是行为人所承担的不利法律后果，并不必然意味着制裁或惩罚。将制裁和惩罚作为法律责任的本质，是以刑法和刑事责任为基本模式并加以泛化而得出的错误结论。另外，与修订前的《大气污染防治法》、《水污染防治法》没有规定超标排污者必须限期治理相比，修订后的法律将限期治理规定为超标排污者必须承担的法律责任，的确加重了对排污者的制裁。