侦查是指刑事诉讼中的侦查机关为了查明犯罪事实、抓获犯罪嫌疑人，依法进行的专门调查工作和采用有关强制性措施的活动。公安、检察机关在刑事案件侦查过程中存在的问题主要表现在以下几个方面：

(一)法定侦查期限内不能侦查终结的案件，办案人员不按照法律规定办理有关手续。根据刑诉法第156条、157条和158条之规定，对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过两个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，经上一级人民检察院或省、自治区、直辖市人民检察院批准或决定，可以延长1个月。但在实践中，有些侦查人员对于不能按期侦查终结的案件，不按法律规定报请上级人民检察院批准延长侦查期限，而是自行决定延期侦查。

(二)不及时变更刑事强制措施，超期羁押犯罪嫌疑人。刑诉法第86条和91条规定，公安机关对于被拘留的人应当在拘留后的24小时内进行讯问。在发现不应当拘留时，必须立即释放，发给释放证明。对需要逮捕而证据还不充足的，可以取保候审或监视居住。公安机关对被拘留的人，认为需要逮捕的，应分别不同情况在拘留后的3日、7日、30日内提请人民检察院审查批准。人民检察院应自接到提请批准逮捕书后的7日内作出批准或不批准逮捕的决定。人民检察院不批准逮捕，公安机关应在接到通知后立即释放。对于需要继续侦查，并符合取保候审、监视居住条件的，依法取保候审或监视居住。刑诉法第170条规定：人民检察院对直接受理的案件中被拘留的人，认为需要逮捕的，应在10日内或最迟在14日内作出是否逮捕的决定。对不需要逮捕的，应立即释放。对于需要继续侦查并符合取保候审、监视居住条件，依法取保候审或监视居住。

实践中，有的一般案件，从拘留至逮捕决定作出之日的拘留期限竟超出了法律规定的最长期限30日。而且在案件不能按期侦查终结时，也不依法变更刑事强制措施，经常是超期羁押、一捕到底，严重地侵犯了犯罪嫌疑人的合法权益。

补充侦查适用的情形

补充侦查有两种情况，即审查起诉阶段的补充侦查和法庭审理阶段的补充侦查。

(一)审查起诉阶段的补充侦查的形式、次数：人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕。补充侦查以2次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。经过两次补充侦查，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。审查起诉阶段的补充侦查，由人民检察院决定。对于公安机关侦查终结，需要补充侦查时，既可以决定将案件退回公安机关补充侦查，也可以决定自行侦查，必要时可以要求公安机关协助。

(二)法庭审理阶段的补充侦查的形式和次数：在法庭审理过程中，检察人员发现提起公诉的案件需要补充侦查，并提出建议的，人民法院可以延期审理。但是该建议以2次为限。人民检察院应当在1个月内补充侦查完毕。合议庭在案件的审理过程中，发现被告人可能有自首、立功等法定量刑情节，而起诉和移送的证据材料没有这方面的证据材料，应当建议人民检察院补充侦查。

收集证据的方法有哪些

(一)询问。询问是指执法机关或者律师要求当事人、证人或者鉴定人陈述自己了解的案情。询问是任何案件中都经常使用的证据收集措施和方法。

(二)讯问。讯问是指执法机关要求违法行为人、犯罪嫌疑人或者刑事被告人如实交代案情的方法。讯问的对象限于行政处罚案件中的违法行为人和刑事案件中的犯罪嫌疑人或被告人。讯问的主体限于执法机关，不包括律师。

(三)辨认。辨认是要求被害人或者证人在若干类似的物品、场所或者人中，挑选出自己曾经所见所闻的部分。辨认的主体可以是案件中的被害人和证人，辨认的对象可以是案件中的犯罪嫌疑人或者与案件有某种关联的人，也可以是与案件有关的物品或场所。

(四)勘验。勘验是指执法人员亲临现场，发现和提取证据的专门活动。勘验主体限于执法机关，律师无权进行勘验。从收集证据的角度来讲，勘验一方面是发现和提取各种物证的重要途径，另一方面勘验笔录本身也是证据的种类之一。

(五)检查。检查是指执法机关依法对与案件有关的人身进行检验的专门活动。检查的对象是活人的身体，又称为人身检查。人身检查笔录是其主要的证据形式。