(一)刑民交叉案件的不协调困境

在一个侵犯商业秘密案件中存在着民事侵权和刑事犯罪两种不同性质的法律关系时，诉讼程序的启动在实践中存在以下不同情形：第一，商业秘密权利人提起民事侵权之诉，由于该侵权行为涉嫌构成犯罪进入刑事追诉程序;第二，对侵犯商业秘密犯罪行为进行刑事追诉时，对民事责任的追究一般可以通过刑事附带民事诉讼或者单独提起民事诉讼来解决，其中，被害人单独提起民事诉讼既可以在刑事诉讼进行过程中，也可以在刑事诉讼终结后。

刑事诉讼作为“公权”越来越多介入原本更多属于“私权”保护范畴的商业秘密权利领域，是因为从实践来看，在侵犯商业秘密行为的责任追究上，相比较民事诉讼而言，刑事诉讼的保护力度更大。就商业秘密权利人而言，在权利受到侵害时，进行诉讼首要考虑的是如何最大程度地维护自身的权益，更直观地说就是尽量挽回所造成的损失以及避免进一步的损失，至于选择民事还是刑事诉讼途径，应当服从于这一最终目的。当前，由于侵犯商业秘密案件的民事诉讼程序耗时长、举证难度大，从权利人角度看，不走民事救济而改走刑事救济路径，是因为代表公权力的侦查机关介入，会迫使涉嫌侵害的行为人提供其持有或使用的信息以供鉴定，而民事诉讼中涉嫌侵权人通常可以以自身技术或经营信息也属于商业秘密进行合理抗辩，或者拒不提供。因此相比较而言，当事人更愿意选择刑事程序：公安机关接举报并抓获犯罪嫌疑人——做商业秘密的相关鉴定——依据损失金额进行定罪量刑。近些年对大多数商业秘密犯罪案件的追究几乎都是这一套路，权利人采用刑事手段保护商业秘密的倾向性也越来越强。

针对商业秘密受到侵犯的情形，在进行公力与私力两重救济的实践运作时，公权与私权的冲突在所难免，其中的问题主要表现在三个层面：

一是两种诉讼程序先后分别进行，但是处理结果却可能互相矛盾;

二是在一种诉讼程序进行时，另一种程序启动，两种程序孰先孰后;

三是民事诉讼被纳入刑事诉讼程序中作为附带程序，是否能真正发挥民事救济的作用。

(二)刑民诉讼不协调的症结

从法律法规的表述看，我国当前将经济损失数额作为区别商业秘密民事侵权与刑事犯罪的重要界限，法律简单化处理界限问题的本意或许在于两种责任的追究上存在一种前后承接的配合。因为在对商业秘密犯罪构成要件的查证中，很多基本问题还是归结为对民事侵权行为构成与否的认定。然而司法实践中，侵权与犯罪的界限问题并非如此简单。前面所提到的现实中的矛盾情形提示我们，作为诉讼原则和应用规则截然区别的两种程序，在对商业秘密的构成及商业秘密侵权行为的认定上，刑事与民事诉讼程序的举证责任和证明标准等存在着很大不同。也即，刑事诉讼中由公诉方承担举证责任，且必须达到“排除一切合理怀疑”才能追究被告人的刑事责任，而民事诉讼中一般采取谁主张谁举证，适用“优势证据”判定原则。因此，一方面，必须明确两种诉讼程序进行的先后顺序;另一方面，从实体上而言，即使由同样的证据推导出的法律事实，在两种诉讼中可能会产生不同的法律后果。当然不可忽视的是，两种诉讼程序规则上存在着差异，尤其是民事诉讼中有关证据提出和认定方面的规则更适应商业秘密案件审理的特点，这在刑事诉讼中应当引起重视。

实际上，两大诉讼最大的区别在于，民事诉讼注重商业秘密的权属关系，而刑事诉讼更侧重于考察侵害行为本身的社会危害性。刑事制裁的一个重要功能在于预防，即以国家公诉的名义，并经过法院的裁判，向全社会宣告行为的严重危害，以警戒类似行为的再次发生，而相对地，民事诉讼则重在补偿。这直接导致了刑事判决与民事判决可能发生冲突。

正是由于民事和刑事诉讼在操作方式以及思维理念上的不同，使得我们不仅要对两种程序运作结果的矛盾准确认识并加以克服，更应对刑事诉讼程序的功能作全面理解，因为保护力度与保护效果并不完全等同。