退回补充侦查三个月一般是说案件的证据不充分，不足以说明犯罪嫌疑人有罪，并且退回补充侦查的权限是由检察院行使的。

一、检察院立案侦查的情况

人民检察院对直接受理的案件的侦查，是指人民检察院对自己受理的案件，依法进行的专门调查工作和有关的强制性措施。

人民检察院对直接受理的案件的侦查，除法律明确规定的以外，适用刑事诉讼法有关公安机关侦查的规定。人民检察院直接受理的案件中，符合《刑事诉讼法》第62、63条第4项和第5项规定情形，需要逮捕、拘留犯罪嫌疑人的，由人民检察院作出决定，由公安机关执行。人民检察院作出的拘留决定送达后，公安机关应当立即执行，人民检察院可以协助执行。对被拘留的人，应当在拘留后24小时以内进行讯问。在发现不应当拘留的时候，必须立即释放，发给释放证明。对需要逮捕而证据还不充足的，可以取保候审或者监视居住。

对被拘留的人认为需要逮捕的，应当在10日以内作出决定。在特殊情况下，决定逮捕的时间可以延长1日至4日。对不需要逮捕的，应当立即释放；对于需要继续侦查，并且符合取保候审、监视居住条件的，依法取保候审或者监视居住。最高人民检察院直接立案侦查的案件，符合《刑事诉讼法》第126、128条和第129条规定的条件，需要延长犯罪嫌疑人侦查羁押期限的，由最高人民检察院依法决定。人民检察院不能在法定侦查羁押期限内侦查终结的，应当依法释放犯罪嫌疑人或者变更强制措施。

二、侦查程序包含什么内容

侦查工作的任务，就是依照法定程序发现和收集有关案件的各种证据，查明犯罪事实，查获和确定犯罪嫌疑人，并采取必要的强制措施，防止现行犯和犯罪嫌疑人继续进行犯罪活动或者逃避侦查、起诉和审判，从而保证刑事追诉的有效进行。

具体而言，是指侦查机关依照法定程序对已经立案的刑事案件进行侦查，收集调取犯罪嫌疑人有罪或者无罪、罪轻或者罪重的各种证据材料，准确及时地查明犯罪事实，查获犯罪嫌疑人，并根据案件的具体情况采取必要的强制措施，防止犯罪分子逃避侦查或者毁灭、伪造证据，串供等，以便将犯罪嫌疑人顺利交付起诉和审判，保证诉讼活动的顺利进行，保护国家、集体和公民个人的合法权益不受侵犯。

（一）侦查是同犯罪做斗争的重要手段犯罪是一种极其复杂的社会现象，罪犯作案后又往往采用多种手段来掩盖真相，逃避制裁。如果没有强有力的侦查活动，就不可能准确、及时地揭露和打击犯罪。

（二）侦查是提起公诉和审判的基础侦查作为刑事诉讼的一个重要阶段，是公安机关、检察机关和人民法院进行刑事诉讼的第一道工序。虽然刑事诉讼活动是从立案开始的，但是全面收集证据，揭露和证实犯罪等实质性活动却是从侦查阶段才开始的，所以它是以后各个诉讼阶段活动的基础。从侦查阶段在刑事诉讼中的作用来看，侦查是在为起诉和审判做准备。因此，侦查工作进行得如何，对案件能否得到正确、合法、及时的处理，有着直接的影响。如果侦查工作进行得好，收集的证据确实、充分，就会有利于起诉和审判工作的顺利进行。如果侦查工作有疏漏或者偏差，往往会给起诉或者审判工作带来更大的困难，有的不得不退回补充侦查，有的甚至可能给办案工作造成不可弥补的损失。

（三）侦查是预防犯罪的重要措施，有助于促进社会治安综合治理通过侦查活动，不仅能够查明已经发生的犯罪事实，还可以发现可能发生犯罪的隐患和漏洞，发现社会治安管理和社会上各机关、单位内部管理方面存在的问题，建议或者协同有关部＆ml；和单位采取有效措施，消除隐患，堵塞漏洞，加强安全防范工作，预防和减少犯罪的发生。并且通过侦查活动还可以教育群众，强化群众的法治观念，提高守法的自觉性，提高同犯罪做斗争的积极性。