房屋权属证书应由权利人收执。即《房屋他项权证》应发给抵押权人，登记机关在《房屋所有权证》上作他项权利记载后，交还抵押人收执。

抵押权登记以后，如果债务人不按约履行债务，致使抵押权人行使抵押权时，有一些抵押人、特别是为第三人担保的抵押人，往往以遗失为由，不愿交出《房屋所有权证》，从而给抵押权人、人民法院、登记机关及被拍卖房屋的买受人都带来很多麻烦。特别是以司法文书强制转移产权以后，登记机关虽然可以依法注销该项《房屋所有权证》，但实际上，《房屋所有权证》仍然在抵押人处，易于使不知情的第三人受骗。这些例子虽则不是普遍现象，但已时有发生。此类情况发生以后，登记机关虽然对此并无任何责任，但作为不知情的第三人，易于蒙受很大的经济损失。登记机关出于减少社会不安定因素的目的，采用《房屋所有权证》由登记机关保管的措施，出发点是好的，一些城市的登记机关已经采取了这一措施，并收到了较好的效果。

但这种做法也存在一定的问题：

1、一个中等城市，每年抵押权的设定都在数千起以上，且抵押权的约定期限一般比较长，超过10年的非常普遍。在这漫长的岁月里，如果《房屋所有权证》都集中在登记机关保管，有一定的困难，登记机关对此承担的责任也十分重大。

2、登记机关保管《房屋所有权证》，虽属善意，但并无立法上的依据。一旦产生行政争议，登记机关比较被动。有一些城市(如常州市)，对于已经设定抵押的房屋，其《房屋所有权证》基本上都由抵押权人保管，抵押人在和抵押权人签订抵押合同时，在合同中约定：将《房屋所有权证》交由抵押权人保管。抵押权人大部分都是金融机构，对每一个金融机构来说，保管的权属证书相对而言较少，并可以和《房屋他项权证》同时保管。由于这种方式是当事人自行约定的，也没有法律上的问题。我国台湾地区的权属登记机构，对此也是采用由抵押当事人自行约定的方式，将权属证书交金融机构保管。

已习惯由登记机关保管《房屋所有权证》的城市，亦可采用由当事人在抵押合同中约定的方式，将《房屋所有权证》交登记机关保管，以避免可能会出现的争议。