出现纠纷的当事人可以协商、仲裁或者诉讼解决。即发生工程合同纠纷的，可以按以下方式处理：

(1)当事人自愿协商解决；

(2)第三人或者人民调解委员会居中调解；

(3)向仲裁委员会申请仲裁；

(4)向人民法院提起民事诉讼。

向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

一、建设工程合同未备案有什么后果？

备案不是效力性强制规定，不备案的合同仍可以是有效的合同。

对于经过招投标程序的建设工程施工合同，其在自投标人中标时就已成立。法律并未规定需经登记备案才生效。这是国家政府管理部门为了严格管理和监督建设工程合同而采取的行政管理方法。

设立这种备案制度，并不是中标合同必须经过行政部门审查批准才生效，而是确定以经过备案的中标合同作为承包人与发包人双方之间结算工程款的依据。

因此自合同中标时即成立并生效，双方均享有合同权利，应依法履行合同义务。如发包公司违反合同约定将工程擅自再发包给其他建筑公司，属违约行为，应依法承担相关违约责任。

二、如何确定建筑工程合同纠纷诉讼主体？

1、建设单位内部不具备法人条件的职能部门或下属机构签订的建筑承包合同，产生纠纷后，应以该建设单位为诉讼主体，起诉或应诉。

2、建筑施工企业的分支机构(分公司、工程处、工区、项目经理部、建筑队等)签订的建筑承包合同，产生纠纷后，一般以该分支机构作为诉讼主体，如该分支机构不具有独立的财产，则应追加该建筑企业为共同诉讼人。

3、借用营业执照、资质证书及他人名义签订的建筑承包合同，涉诉后，由借用人和出借人为共同诉讼人，起诉或应诉。

4、共同承包或联合承包的建筑工程项目，产生纠纷后，应以共同承包人为共同诉讼人，起诉或应诉；如共同承包人组成联营体，且具备法人资格的，则以该联营体为诉讼主体。两个以上的法人、其他经济组织或个人合作建设工程并对合作建设工程享有共同权益的，其中合作一方因与工程的承包人签订建设工程合同而发生纠纷的，其他合作建设方应列为共同原、被告。

5、实行总分包办法的建筑工程，因分包工程产生纠纷后，总承包人和分包人应作为共同诉讼人，起诉或应诉；如果分包人起诉总承包人，则以分包合同主体作诉讼主体，是否列建设单位为第三人，视具体案情而定。