1、提出申请的当事人不同。仲裁案件中的双方当事人，均可以申请撤销仲裁裁决；而有权提出不予执行仲裁裁决的当事人是被执行人、案外人。

2、管辖法院不同。当事人申请撤销仲裁裁决，应当向仲裁委员会所在地的中级人民法院提出；被执行人、案外人申请不予执行仲裁裁决，向执行仲裁裁决的法院提出，执行仲裁裁决的法院不一定是仲裁委员会所在地的中级人民法院，且不限于中级人民法院。

3、法律效果不同。撤销后的仲裁裁决为自始无效，已经执行了的可能出现执行回转等情况；而不予执行并不对仲裁裁决自身的效力作肯定或者否定评价。

4、提起申请期限不同。申请撤销仲裁裁决则应当在收到仲裁裁决书之日起6个月内提起。申请不予执行仲裁裁决应当在执行终结前提出。

5、申请撤销仲裁裁决则需要申请人按照财产案件的收费标准交纳受理费。申请不予执行仲裁裁决目前没有明确的法律依据规定需要交纳费用。

6、人民法院应当在受理撤销裁决申请之日起两个月内作出撤销裁决或者驳回申请的裁定。人民法院对不予执行仲裁裁决案件的审查，应当在立案之日起两个月内审查完毕并作出裁定；有特殊情况需要延长的，经本院院长批准，可以延长一个月。

7、法院对撤销仲裁裁决审查结果，第一种情形，理由成立的，根据情况，通知仲裁庭重新仲裁或裁定撤销仲裁裁决。第二种情形，理由不成立的，裁定驳回申请。被执行人、案外人对仲裁裁决执行案件申请不予执行，经审查理由成立的，人民法院应当裁定不予执行；理由不成立的，应当裁定驳回不予执行申请。

8、申请撤销商事仲裁裁决的案件，除三种类型的案件外，撤销申请被驳回后，当事人无权上诉，无权申请再审，无权申请复议。仲裁裁决被人民法院裁定不予执行的，当事人的救济途径可以是根据双方达成的书面仲裁协议重新申请仲裁，也可以向人民法院起诉。

律师补充：

对依法设立的仲裁机构的裁决，一方当事人不履行的，对方当事人可以向有管辖权的人民法院申请执行。受申请的人民法院应当执行。被申请人提出证据证明仲裁裁决有下列情形之一的，经人民法院组成合议庭审查核实，裁定不予执行：

（一）当事人在合同中没有订有仲裁条款或者事后没有达成书面仲裁协议的；

（二）裁决的事项不属于仲裁协议的范围或者仲裁机构无权仲裁的；

（三）仲裁庭的组成或者仲裁的程序违反法定程序的；

（四）裁决所根据的证据是伪造的；

（五）对方当事人向仲裁机构隐瞒了足以影响公正裁决的证据的；

（六）仲裁员在仲裁该案时有贪污受贿，徇私舞弊，枉法裁决行为的。

人民法院认定执行该裁决违背社会公共利益的，裁定不予执行。裁定书应当送达双方当事人和仲裁机构。仲裁裁决被人民法院裁定不予执行的，当事人可以根据双方达成的书面仲裁协议重新申请仲裁，也可以向人民法院起诉。

【法律依据】

《仲裁法》

第九条

仲裁实行一裁终局的制度。裁决作出后，当事人就同一纠纷再申请仲裁或者向人民法院起诉的，仲裁委员会或者人民法院不予受理。裁决被人民法院依法裁定撤销或者不予执行的，当事人就该纠纷可以根据双方重新达成的仲裁协议申请仲裁，也可以向人民法院起诉。