股东可以通过公司章程对股权转让进行限制。一般情况下新《公司法》关于股权转让的规定为授权性规定，对有限责任公司而言，股东可以通过公司章程进行修改或补充。公司章程限制股权转让符合新《公司法》保护股权自由转让和公司人合信赖关系及其它股东利益的立法目的，与法律规定并不相悖，因此，股东可以通过章程对股权转让进行限制。

我国《公司法》明确规定公司章程可对股权转让另行作出规定，实际上赋予股东通过公司章程对股权转让进行限制的权利。但《公司法》未就公司章程对股权转让的限制与法定限制不一致或相冲突的情形下如何协调和处理，当事人违反公司章程限制的股权转让合同的效力如何认定的问题作进一步规定。公司章程可以限制的范围很广，但限制必须符合立法目的和法律强制性规定，公司章程限制不得过于严格，不能造成股权转让极度困难或根本不可能，更不得禁止股权转让。公司章程虽未直接规定禁止股权转让，但通过其它条件和程序的设置，使股权转让不能实现，这属于变相禁止股权转让自由，应认定无效。公司章程可以作出严于《公司法》限制条件的规定，但不能宽于或低于新《公司法》设定的条件，《公司法》设定的限制性规定是一种基本要求或最低条件，公司章程限制严于《公司法》规定，依公司章程的转让也即满足了《公司法》规定的条件。允许公司章程制订较《公司法》严格的股权转让限制条件，可以更符合公司实际，更有效保护公司利益和股东利益，而不损害社会公共利益。低于法定限制的公司章程规定不利于公司人合性的维持，也不利于公司和其他股东利益的保障，特别是弱势股东利益的保护。因此，公司章程限制股权转让的条件，不得低于《公司法》法定条件，低于法定条件限制的公司章程规定条款不能确认为有效。此外，公司章程的限制必须公示才能对抗第三人。

股权转让既要符合《公司法》规定又要符合公司章程限制性规定，方发生效力。违反公司章程限制，相对于公司而言不发生法律效力，公司得以股权转让违反公司章程规定进行对抗，可拒绝股权登记要求并拒绝受让人行使股权。但对于转让协议双方，不能以违反公司章程规定为由主张协议无效，违反公司章程规定的股权转让协议在双方当事人之间可以有效，受让人可根据合同的责任条款追究转让方的违约责任。