公司不承认股权认购协议可以私底下协商，或者是向法院进行诉讼。

1、股权转让是《公司法》赋予股东的一项重要权利。股权转让分为股东之间的股权转让和股东向股东以外的第三人转让股权两种形式。《公司法》第35条第一款规定：“股东之间可以相互转让其全部出资或者部分出资”。公司法对股东之间转让股权没有限制，但对股东向股东以外的第三人转让股权设有一定的限制。

2、《公司法》第35条第二款规定：“股东向股东以外的人转让其出资时，必须经全体股东过半数同意；不同意转让的股东应当购买该转让的出资，如果不购买该转让的出资，视为同意转让”

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3、第三款规定：“经股东同意转让的出资，在同等条件下，其他股东对该出资有优先购买权”。

一、股东股权转让是否有效？

1、股权转让和公司设立是两个不同的概念。根据《民法典》的规定，“合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务的协议”。“依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或解除合同”。因此，股东按照《民法典》规定自愿达成的股权转让协议，未违反法律的强制性规定，应当认定是有效的。

2、其次，不能以公司设立的法定条件来否定股权转让的效力。虽然我国公司法规定了有限公司设立的条件为两个以上五十个以下的股东共同出资设立，但公司法对两个股东之间转让股份并没有禁止性的规定。也就是说，两个股东之间转让股权也是合法的。如果以公司设立的条件来否定股权转让的效力，那么就意味着两个股东设立的公司，无论是否自愿，一律不允许转让股份。即使双方不愿意继续合作，也不能转让其股份。这与有限责任公司的资合和人合共存的性质相违背，也不符合客观实际。

3、《公司登记管理条例》第四百八十九条规定：“有限责任公司变更股东的应当自股东发生变动之日起30日内申请变更登记”。第四百九十二条规定：“因合并、分立而存续的公司，其登记事项发生变化的，应当申请变更登记；因合并、分立而解散的公司，应当申请注销登记；因合并、分立而新设立的公司，应当申请设立登记”。因此，当两个股东完成股权转让后，可由受让方依法履行公司注销登记手续。同时，也可将受让的股份转让给第三人，并完成公司变更登记手续，从而继续保持公司为有限责任公司的性质。