专利许可合同的特殊条款包括：1、专利说明条款；因为专利具有较强的专业性，专利许可合同应当写明专利的信息；2、专利许可方式条款；3、专利有效保持条款；4、侵权处理条款。

根据《专利权法》第五十七条规定，取得实施强制许可的单位或者个人应当付给专利权人合理的使用费，或者依照中华人民共和国参加的有关国际条约的规定处理使用费问题。付给使用费的，其数额由双方协商；双方不能达成协议的，由国务院专利行政部门裁决。

专利许可合同一定要备案吗？

1、你要和专利权人订立书面实施许可合同；

2、按照约定你要支付专利使用费；

而且，实际中，专利许可没有明确的收费标准，费用是由你们双方协商。对于收费，通常是根据技术市场情况、技术投产后可获得的利润效益等进行参考。

3、专利权人跟你订立的专利实施许可合同，要在从合同生效之日起3个月内向国家知识产权局报批。

但是，我国专利法及有关法规却没有对专利合同备案的效力作出明确规定，备案的效果在于对抗专利权人或者独占实施许可人。也就是说，如果专利权人在对你许可后，又许可给其他人独占实施该专利，那么你就可以在原有许可范围内继续使用而不受影响，否则可能被禁止实施。当然，那样的话你也可以向专利权人主张合同违约。

但是如果你想要去备案的话，你别忘了带上下面的几个文件：

（1）专利实施许可合同备案申请表；

（2）专利实施许可合同；

（3）许可方和你的身份证明（个人需提交身份证复印件，企业需提交加盖公章的营业执照复印件、组织机构代码证复印件，事业单位需提交加盖公章的事业单位法人证书复印件、组织机构代码证复印件）；

（4）许可方和你共同委托代理人办理相关手续的委托书；

（5）找代理的需要代理人身份证复印件。

最后，在专利许可中，专利权人不顾你的独占许可约定，违约跟别人又确定了许可的话，造成你较多损失的，建议就是及时找个专业律师诉讼维权。

因为法律对专利权有保护，如果没有事先进行过许可备案，在被许可人使用专利技术的时候，则很有可能就会误认为其构成专利侵权，造成不必要的麻烦，也有可能给专利权人、被许可人的合法权益造成损害。

《专利权法》第五十七条

取得实施强制许可的单位或者个人应当付给专利权人合理的使用费，或者依照中华人民共和国参加的有关国际条约的规定处理使用费问题。付给使用费的，其数额由双方协商；双方不能达成协议的，由国务院专利行政部门裁决。