一、两者的法律依据不同

如上所述，免予刑事处罚所依据的是《刑法》三十七条的规定，而无罪判决所依据的是《刑事诉讼法》第一百六十二条的规定。一个是实体法，一个为程序法。

二、两者的适用条件不同

从《刑法》第三十七条我们可以知道，免予刑事处罚要符合两个条件：一是犯罪情节轻微，二是不需要判处刑罚。只有当两个条件同时符合时，才能适用免予刑事处罚。应该指出的是，在刑法总则和分则中，我们还多次看到“免除处罚”这个概念，免除处罚与免予刑事处罚二者的法律实质后果都是定罪而不处罚，但它们是性质不同的两种刑罚适用制度。免予刑事处罚并不排除民事责任和行政处罚，实际上从《刑法》三十七条后面的规定我们就能理解：“……但是可以根据案件的不同情况，予以训诫或者责令具结悔过、赔礼道歉、赔偿损失，或者由主管部门予以行政处罚或者行政处分。”

无罪判决的适用条件，《刑事诉讼法》第一百六十二条规定为：“……

(二)依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决；

(三)证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。”即当法律规定为无罪的和证据不足的应当作无罪判决。这与免予刑事处罚的“犯罪情节轻微不需要判处刑罚”的条件有明显的区别。

三、两者的法律后果不同

“免予刑事处罚”是人民法院认定某种行为构成犯罪，但因犯罪情节轻微，而判决免予刑罚的一种处罚。是人民法院以被告人构成犯罪为前提，以“犯罪情节轻微不需要判处刑罚”为概括性条件的随法选择。法律规定应当免除刑罚的，必须判决免除刑罚，如《刑法》二十四条规定对没有造成损害的中止犯，应当免除处罚；法律规定可以免除刑罚的则可视案情具体情况选择决定是否免予刑事处罚。免予刑事处罚，也是承担刑事责任的一种方式，定罪则是对行为的否定性法律评价，只是免除了对被告人的刑罚。这点从免予刑事处罚的前提必须确认被告人构成犯罪这一条件中就足可得到证明。在当前的司法实践中，免予刑事处罚虽不具有刑罚的性质和作用，但却是刑罚的必要补充。简言之，免于刑事处罚，是有罪而免罚，仍然构成刑事犯罪。通俗地说就是有犯罪前科。而无罪判决的法律后果是：当嫌疑人被羁押的，应当立即释放。无罪，当然就无需承担刑事责任，不受刑事处罚。