《民法典》第507条规定，合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。因此，管辖协议尽管是合同的一部分，但具有独立性。同时，合同无效、变更、解除、终止要经过实体的审理才能确定。因此，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响管辖条款的效力。

但是，在管辖权案件审理中，对于管辖条款本身的效力应当进行审查，当事人在管辖异议期间提出管辖条款效力问题的，法院要进行实质审查。当事人提出签名、盖章等真伪问题申请鉴定的，应当进行鉴定。当事人在管辖权确定后，再提出管辖条款效力问题的，不予审查。对于当事人对协议条款真伪无异议，但提出协议条款的签订人无权签订管辖协议的，因该异议涉及表见代理判断问题，属于实体审理的范围，不应在管辖裁定中作出审查判断。

一、管辖权异议申请的程序

（1）提出

管辖权异议书应向受理该案的人民法院提出。受理该案的法院对该案进行实体审理以前，应先审议当事人对管辖权提出的异议，就对该案是否有管辖权问题作出书面裁定。

（2）审查

对于满足上述形式要件的管辖权异议，人民法院应慎重地进行实质审查。

（3）作出裁定

经审查认为异议成立的，由受诉人民法院作出裁定，将案件移送有管辖权的人民法院审理；经审查认定异议不成立的，则裁定驳回。在审查决定作出前，应停止对本案的实体审理。简单来说就是当事人提出管辖权异议后，法院应当进行审查，异议成立的，裁定移送至有管辖权的法院，异议不成立的，裁定驳回。

法院对案件作出的判决发生法律效力后，如果当事人对驳回管辖权异议的裁定和判决一并申诉或申请再审的，法院经过复查，发现管辖虽有错误，但判决正确的，管辖问题不再变动；如经复查，认为管辖和判决均有错误，应按审判监督程序处理。经过再审或者提审，原判决和裁定均被撤销的，应将案件移送有管辖权的人民法院审理。如果人民法院未改变案件的管辖问题，当事人则有权对案件的管辖提出异议。

（4）处理

法院对管辖权异议审查后，认为异议成立的，即移送至有管辖权的法院，若有管辖权的法院为两个或以上时，法院则依职权迳行移送至其认为合适之法院。

二、建筑工程纠纷申请仲裁

1、根据《民诉解释》第二百一十五条：依照民事诉讼法第一百二十四条第二项的规定，当事人在书面合同中订有仲裁条款，或者在发生纠纷后达成书面仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院应当告知原告向仲裁机构申请仲裁，其坚持起诉的，裁定不予受理，但仲裁条款或者仲裁协议不成立、无效、失效、内容不明确无法执行的除外。

2、第二百一十六条：在人民法院首次开庭前，被告以有书面仲裁协议为由对受理民事案件提出异议的，人民法院应当进行审查。

3、经审查符合下列情形之一的，人民法院应当裁定驳回起诉：

（1）仲裁机构或者人民法院已经确认仲裁协议有效的；

（2）当事人没有在仲裁庭首次开庭前对仲裁协议的效力提出异议的；

（3）仲裁协议符合仲裁法第十六条规定且不具有仲裁法第十七条规定情形的。

4、由上可知，仲裁高度尊重当事人的意思自治，当事人可通过合意，达成仲裁协议，有效的仲裁协议就成为仲裁与诉讼的分水岭，决定了民商事纠纷解决的走向，也即仲裁条款具有妨诉抗辩效力，阻却法院对于争议事项的管辖。