刑事诉讼法中的公诉案件和自诉案件，虽然都是刑事案件，但二者之间是有严格区别的，主要是：

（一）案件来源不同。公诉案件是由国家公诉机关即人民检察院提起的；而自诉案件是由被犯罪行为侵害的公民、个人或者他的法定代理人、监护人、近亲属直接向人民法院提起的。

（二）犯罪性质和危害程度不同。公诉案件中犯罪行为的性质一般来说比较严重，对社会的危害性也比较大。

（三）审查程序不同。与庭审方式改革相适应，现行刑事诉讼法弱化了公诉案件进行庭前审查的实体内容，基本上实行程序性审查，即审查只要符合起诉书中有明确的指控犯罪事实并且附有证据目录、证人名单和主要证据复印件或照片的，人民法院就应当决定开庭审判，审查的主体是负责该案审理的审判组织成员；而自诉案件则应经二次审查，第一次是立案前的程序审查，审查是否符合立案标准，根据立、审分立的原则，审查的主体应是专门审查立案的人员。第二次审查是开庭前的实体审查，审查是否符合犯罪事实清楚，有足够证据这一开庭审理的必备条件，符合开庭审理条件的应转到开庭审理程序，不符合开庭审理条件的，应说服自诉人撤回自诉或裁定驳回起诉，审查的主体是负责该案审理的审判组织人员。

（四）当事人的诉讼权利不完全相同。

（五）当事人的诉讼地位不同。自诉案件中的被害人是自诉人，居原告地位，而公诉案件中公诉机关（人民检察院）居原告地位，被害人则处于证人地位。

（六）当事人行使诉讼权利的时间不同。

（七）举证责任不同。自诉案件的举证责任规定为完全由自诉人承担，对于缺乏证据的自诉案件，人民法院有权限期自诉人补充证据，如果自诉人提不出补充证据，人民法院又无法调取和收集到必要的证据，应说服自诉人撤回诉讼，或者裁定驳回诉讼；公诉案件的举证责任完全由公诉机关承担。

（八）刑罚处罚的轻重不同。自诉案件的刑罚处罚，一般都在三年以下有期徒刑、拘役或管制；而公诉案件的刑罚处罚可达十年以上有期徒刑、无期徒刑直至死刑。

（九）案件的可分性特点不同。自诉案件中的一个犯罪行为侵害了数个人的利益，受害人不只一人，而是数人，在这种情况下，其中任何一个受害人都有权单独向人民法院提出控诉，没有提起控诉的受害人，有权放弃诉讼。如果是数人共同对某一人实施某一犯罪行为，受害人有权对其中的一人或几人提起控诉，两种情形不管属于哪一种情形，受害人的控诉均应视为有效，不受限制；但公诉案件的情况恰恰相反，它具有一案不可分的特点，即一个被告人犯了数罪，或共同犯罪案件中的所有被告人，都必须一案审理，不能一罪一审或一人一审。

（十）审理期限的要求不同。