关于两者的关系，或者是说《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(一)》第2条的规定，备受争议。一种观点认为，《民法通则》规定的诉讼时效和《劳动法》规定的仲裁申诉时效是普通法和特别法的关系，因特别法优于普通法，因此，在审理劳动争议案件涉及时效问题时，应当适用《劳动法》关于仲裁申诉时效60日的规定，而不能适用《民法通则》关于2年诉讼时效的规定。其理由是，《民法通则》第135条规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效为2年，法律另有规定的除外。”这就是说，当特别法对时效有特殊规定时，应当适用特别法的规定。劳动法关于劳动争议仲裁申诉时效的规定，就是属于“法律另有规定”的情况。因而，人民法院审理劳动争议案件，不仅应当适用劳动法规定的60日的仲裁申诉时效，而且还要审查当事人向劳动争议仲裁委员会申请仲裁是否超过了仲裁申诉时效。如未超过，则其诉讼请求应予以保护;如已超过，又无不可抗力和其他正当理由，则应判决驳回其诉讼请求。另一种观点则相反，即认为在劳动法律法规对劳动争议案件的诉讼时效作出规定之前，法院审理劳动争议案件，应当执行《民法通则》关于诉讼时效的规定，在审理中，也无需再去审查当事人向劳动争议仲裁委员会申请仲裁是否超过仲裁申诉时效，以及有无不可抗力或其他正当理由。这是由我国《劳动合同法》的效力所决定的。此外，还有一种折衷观点，认为《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(一)》第3条应当修改为：劳动争议仲裁委员会根据《劳动法》第82条之规定，以当事人的仲裁申请超过六十日期限为由，作出不予受理的书面裁决、决定或者通知，当事人不服，依法向人民法院起诉的，人民法院应当受理;对确已超过劳动仲裁申请期限，但未超过《民法通则》第136条规定的特殊诉讼时效期间的，人民法院也应受理;对于超过该特殊民事诉讼时效期间又无不可抗力或者其他正当理由的，人民法院依法驳回其诉讼请求。该观点实际上将劳动仲裁申请期限与短期诉讼时效期间糅合在一起而适用的。其前提是承认劳动仲裁申请期限也是诉讼法上的制度，且应优先适用该制度。这种观点值得借鉴。理由是：其一，劳动争议案件受理上的特殊性决定了人民法院应受劳动仲裁申请期限制度的约束，应当成为诉讼法上的制度，而不仅是劳动争议仲裁法上的制度。将两者完全对立起来的观点不足取，也不符合现行法的规定。因为该制度是《劳动法》上的制度，人民法院应当适用。其二，参照《最高人民法院关于适用民事诉讼法>若干问题的意见》第153条规定：“当事人超过诉讼时效期间起诉的，人民法院应予受理。受理后查明无中止、中断、延长事由的，判决驳回其诉讼请求。”与《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(一)》第3条规定相比，两者的规定基本是相同的，可见劳动仲裁申请期限与诉讼时效期间基本相同。其三，《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(一)》第3条确立了劳动仲裁申请期限是诉讼法上的制度，明确规定人民法院受理超过劳动仲裁申请期限的案件应当受理，受理后查明无不可抗力或者其他正当理由的，依法驳回其诉讼请求。其四，《劳动争议调解仲裁法》第27条规定：“劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制;但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。”该条规定了劳动仲裁申请期限的中止和中断制度。至此，劳动仲裁申请期限与诉讼时效期间已没有区别，两者在本质上是一致的。

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