一、超过追诉时效但是中间有违法该如何处理

若行为人的刑事追诉期限已超出，则将停止其刑事责任的追究。

在此情况下，已进行的调查应被撤销，或该案件需终止审理，或者该嫌疑人需被宣布无罪释放。

至于已经展开调查并处理过的情况，其处理方式可包括撤销案件，或者做出不起诉决定，抑或是终止正在进行的审理程序，以及宣判该犯人没有罪行等途径来解决问题。

依据法律规定，犯罪行为经过以下期限后，将不再予以追究，这些期限包括但不限于：

（1）在罪犯所犯下的特定犯罪中，如果法定最高刑是指不足五年的有期徒刑，那么经过五年后就无需再针对此事件进行追诉；

（2）而对于那些刑法规定最低刑为五年到十年之间的犯人，该对应的犯罪行为的追诉时限将会随着时间的推移而延长至十年；

（3）如果犯罪分子涉及到的案件的法定最高刑为十年以上的有期徒刑，那么该案件的追诉期限将由案件发生之日起计算，达到十五年以后便不再追究相关责任；

（4）对于那些犯下了法定最高刑为无期徒刑甚至死刑的犯罪分子来说，其对应的犯罪行为需要经过二十年的追诉期限才能够予以结束。

《刑法》第八十七条

犯罪经过下列期限不再追诉：

（一）法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；

（二）法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；

（三）法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；

（四）法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。

如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。

二、超过追诉时效后侦破的案件如何处理

侦查机关已经对案件进行立案侦查的，案件是不受追诉时效限制的，案件不会超过追诉时效。

但如果是公安机关没有立案侦查的，法定最高刑为不满五年有期徒刑的，犯罪经过五年的；法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，犯罪经过十年的，不再追诉。

《中华人民共和国刑法》第八十八条

在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。

被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的，不受追诉期限的限制。

法律是一种强大的工具，它可以保护弱者，制约强者，维护社会的公正和公平。但是，法律的力量并不仅仅在于它的规定和惩罚，更在于我们每个人的理解和遵守。正如本文的标题所提出的问题，“超过追诉时效但是中间有违法该如何处理”，我们每个人都有责任和义务去学习和理解法律，去遵守法律，去维护法律的尊严和权威。只有这样，我们才能真正实现法治社会的理想，才能真正实现公正和公平。

《中华人民共和国刑法》（2020修正）：第一编　总则 第四章　刑罚的具体运用 第八节　时效　　　　第八十七条　犯罪经过下列期限不再追诉：\n（一）法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；\n（二）法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；\n（三）法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；\n（四）法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。