传染病菌种扩散罪的立案标准是这样规定的：从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传染病菌种扩散，涉嫌导致甲类和按甲类管理的传染病传播的，或者导致乙类、丙类传染病流行、暴发的，或者造成人员重伤或者死亡的，应予立案追诉。

一、刑法中的非法行医罪立案标准

未取得医生执业资格的人非法行医，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：

(一)造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍，或者中度以上残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍，或者死亡的；

(二)造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的；

(三)使用假药、劣药或不符合国家规定标准的卫生材料、医疗器械，足以严重危害人体健康的；

(四)非法行医被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的;(五)其他情节严重的情形。

二、非法买卖危险物质立案标准是什么？

非法制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质，危害公共安全，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：(一)造成人员重伤或者死亡的;(二)造成直接经济损失十万元以上的;(三)非法制造、买卖、运输、储存毒鼠强、氟乙酰胺、氟乙酰钠、毒鼠硅、甘氟原粉、原液、制剂五十克以上，或者饵料二千克以上的;(四)造成急性中毒、放射性疾病或者造成传染病流行、暴发的;(五)造成严重环境污染的;(六)造成毒害性、放射性、传染病病原体等危险物质丢失、被盗、被抢或者被他人利用进行违法犯罪活动的;(七)其他危害公共安全的情形。

三、故意隐瞒疫情会受到怎样处罚?

依据相关法律的规定，明确自己可能患病的情况下，故意隐瞒疫情，对公共安全构成严重危害的，可以按妨害传染病防治罪追究刑事责任。依据我国《刑法》规定，违反传染病防治法的规定，有下列情形之一，引起甲类传染病传播或者有传播严重危险的，处三年以下有期徒刑或者拘役;后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑：(一)供水单位供应的饮用水不符合国家规定的卫生标准的;(二)拒绝按照卫生防疫机构提出的卫生要求，对传染病病原体污染的污水、污物、粪便进行消毒处理的;(三)准许或者纵容传染病病人、病原携带者和疑似传染病病人从事国务院卫生行政部门规定禁止从事的易使该传染病扩散的工作的;(四)拒绝执行卫生防疫机构依照传染病防治法提出的预防、控制措施的。单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。甲类传染病的范围，依照《中华人民共和国传染病防治法》和国务院有关规定确定。