事实婚姻的离婚方式：一般情况下，夫妻双方可以共同前往婚姻登记机构申请补办结婚证，然后，再办理离婚登记。若双方不愿意补办的，可以直接向人民法院提起离婚诉讼，人民法院胜利离婚案件，应当先行调解，调解不成，且感情确已破裂的，应当准予离婚。

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由于我国从1994年期不再承认事实婚姻，所以事实婚姻的双方当事人发生纠纷时，不能按照离婚办理，而是按照解除同居关系处理。根据我国法律规定，通过法院解除同居关系，法院是不受理的，法院只受理因事实婚姻存续期间涉及的财产分割问题和子女抚养问题。

因此，如果当事人双方可以对协商解除同居关系，则不需要向法院起诉；如果双方难以达成一致，选择向法院起诉，那么法院只能按照解除同居关系处理，而不能按照离婚处理。

如果双方对子女抚养和财产存在纠纷，那么与离婚一样，当事人可以协商处理子女和财产问题；协商不成的，可以起诉要求法院解决。但是，必须注意证据的搜集和保存。

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《最高人民法院关于适用中华人民共和国民法典婚姻家庭编的解释（一）》第三条

当事人提起诉讼仅请求解除同居关系的，人民法院不予受理；已经受理的，裁定驳回起诉。

当事人因同居期间财产分割或者子女抚养纠纷提起诉讼的，人民法院应当受理。

第七条

未依据民法典第一千零四十九条规定办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女，提起诉讼要求离婚的，应当区别对待：

（一）1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，男女双方已经符合结婚实质要件的，按事实婚姻处理。

（二）1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其补办结婚登记。未补办结婚登记的，依据本解释第三条规定处理。