1、法院对证据有疑问的，按以下情形处理：

(1)、可以告知公诉人、当事人及其法定代理人、辩护人、诉讼代理人补充证据或者作出说明；

(2)、必要时，可以宣布休庭，对证据进行调查核实。

2、法律依据：《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第二百七十一条

一、刑事诉讼中证据如何采信

(一)证据采信标准

新修订的刑事诉讼法明确规定：证据确实、充分，应当符合以下条件：

1、定罪量刑的事实都有证据证明；

2、据以定案的证据均经法定程序查证属实；

3、综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。

(二)证据采信的规则

1、品格证据规则

所谓品格证据规则是指人证在社会中的形象、地位或品行。通常情况下，证人、被告人、被害人的品格不能作为证据使用。对于某些特殊的品格证据可以允许使用，当品格问题是实体法上的构成要件时，例如我国刑法中的诽谤罪以被害人的人格或名誉受诽谤为要件，证据调查范围必然会涉及被害人的品格。

2、非法证据排除规则

非法证据是属于证据不具有证据能力的一种，取证手段违法导致非法所得的证据不具有证据能力，被排除于法庭之外。新刑事诉讼法第53条规定：“采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述和采用暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述，应当予以排除。违反法律规定收集物证、书证，严重影响司法公正的，对该证据应当予以排除。”

因此，非法证据的范围可以界定为非法言词证据和非法实物证据。

3、内心确信规则

法官在决定是否采信证据的时候必须享有一定的自由裁量权，即所谓的“自由心证”。然而，法官并没有绝对的、毫无约束的自由，它受三方面的限制：

（1）逻辑法则。同一人对同一件事实判断出现了矛盾的说法，一会说有罪一会说无罪，相互矛盾，从逻辑上看不可能同时成立，需要运用逻辑上的排中率和矛盾率来判断；

（2）经验法则。一位资深的法官积累了多年的办案经验，本身对一件物证、书证的嗅觉是很灵敏的；

（3）公序良俗。法官采信证据还要符合一般的法律价值观，符合社会普通大众的普遍认知。比如疑罪从无的价值判断。