商业秘密被侵犯应该按具体情形，请下列部门处理：

1、如果因合同违约而导致侵权的，可以向约定的仲裁机构申请仲裁；

2、如果因一般的违法行为而导致侵权的，当事人可以向当地的行政管理部门投诉，也可以直接向人民法院起诉处理。

商业秘密被侵犯后的救济途径

侵犯商业秘密的法律救济途径看，有民法上的救济、行政法上的救济、刑法上的救济和劳动法上的救济。

从侵犯商业秘密的法律责任看，有民事责任、行政责任和刑事责任。

从侵权商业秘密的归责原则看，适用过错责任原则。主观过错是行为人承担民事责任的实质要件。该过错既包括故意，也包括过失。

对于企业而言，应以民法上的救济为最基本和最主要。在商业秘密被侵犯后，通常可以选择要求行为人承担侵权或违约的民事责任。侵权责任的构成需要满足以下要素：行为人实施了侵犯商业秘密的行为；行为人给商业秘密权利人造成了损害。这种损害可以是物质的，也可以是非物质的；该侵权行为与损害事实之间有因果关系；行为人主观上有过错。

就违约责任而言，违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密，即构成违约。

侵犯商业秘密民事责任的承担方式，主要有停止侵害、排除妨碍、赔偿损失、支付违约金、恢复名誉、荣誉等。其中，司法实践中最常用的是赔偿损失和支付违约金。在赔偿损失方面，以赔偿直接损失为原则。侵犯商业秘密民事赔偿额的确定应根据实际情况而定，损失可以计算的，赔偿额即为该损失额；损失额难以计算的，赔偿额为行为人在侵权期间因侵权所获利润；损失额和利润均难以计算的，应坚持客观、公平、合理的原则，参照同类经营者、同类信息的平均获利情况确定赔偿数额。同时，商业秘密侵权人还应当承担被侵害的权利人因调查其侵犯商业秘密行为所支付的合理费用。

《中华人民共和国专利法》第六十五条

未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起十五日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉；侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。进行处理的管理专利工作的部门应当事人的请求，可以就侵犯专利权的赔偿数额进行调解；调解不成的，当事人可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。