工程质量案件涉及诉讼时效应注意的操作问题主要有：

1、工程质量缺陷不适用“出售质量不合格的商品未声明的”一年的短期时效，而适用一般诉讼时效三年。

2、施工过程中出现的地基基础、主体结构以及竣工验收各阶段的施工质量缺陷争议，其诉讼时效自阶段质量验收发现缺陷或者阶段质量验收未通过时起算;如质量缺陷争议已委托鉴定的，自鉴定单位出具鉴定意见后二年。

3、工程交付使用后，发包人主张承包人的工程保修责任，诉讼时效根据工程不同部位的最低保修年限而定：工程一般部位即一般土建、装修和管道工程的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少于2年的保修年限后3年;工程重要部位即有防水要求的屋面、墙面、卫生间的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少于5年的保修年限后3年;工程主要部位即地基基础和主体结构的保修责任，诉讼时效根据工程设计的不同结构形式而定：农村的砖木结构为不少于设计年限30年后3年;城市的砖和混凝土结构为不少于设计年限50年后3年;城市的钢筋混凝土结构为不少于设计年限70年后3年;城市的钢结构房屋为不少于设计年限100年后3年。

一、缺陷责任期和保修期

缺陷责任期，是指承包人按照合同约定承担缺陷修复义务，且发包人预留质量保证金（已缴纳履约保证金的除外）的期限，自工程实际竣工日期起计算。

保修期，是指承包人按照合同约定对工程承担保修责任的期限，从工程竣工验收合格之日起计算。

建设工程中的缺陷责任期和保修期区分有：

（一）缺陷责任期的期限一般情况下是包含在保修期限内的，且缺陷责任期的期限一般处于保修期的初始阶段。

（二）缺陷责任期、保修期二者的期限终止日一般情况下不相同。缺陷责任期最长为两年。而根据《建设工程质量管理条例》的规定，保修期的最短期限一般是两年。

（三）事实上，缺陷责任期和保修期的最大不同还是体现在质量保证金上。即在缺陷责任期内，承包人要对工程质量缺陷提供担保，担保的形式就是质量保证金。而在保修期内，承包人尽管仍要对因承包人原因造成的工程质量缺陷承担责任，但承包人不用再提供担保。