停薪留职合同可以代替劳动合同的。常情况下，企业职工停薪留职的原因一般是由于员工自身方面的原因，当然如果公司经营当然存在问题，也可能会存在这种情况，因为公司的原因停薪留职的办理需要我们慎重考虑。停薪留职协议的有效期间应当以劳动合同约定期间为限，不应超过劳动合同的约定期间。

一、应该如何办理停薪留职

(一)停薪留职的对象

停薪留职的对象，主要是企业中富余人员、企业的科技人员、技术工人以及其他职工要求到我省城乡创办、领办企业特别是到乡镇企业、贫困地区从事科技开发、承包、兴办开发性企业的，也可以停薪留职。

(二)停薪留手续的办理

要求停薪留职的职工，应由本人提出书面申请，报所在单位批准。企业与批准停薪留职的职工应签订停薪留职合同，并报企业主管部门和企业所在地劳动部门备案。

合同由双方共同商定，其内容应当包括：停薪留职的期限(不超过3年)、停薪留职期间工资和劳保福利待遇的处理、工龄计算以及双方认为需要明确的其他事项等。

未经批准擅自离职的，所在单位按违反劳动纪律处理。

(三)停薪留职期间有关问题的处理

1、工资待遇问题：在停薪留职期间停发工资、奖金和各种津贴、补贴(包括房贴)等，本人标准工资作为档案工资保留。

2、劳保福利待遇问题：职工在停薪留职期间，不享受原单位的各种福利待遇、劳保津贴和劳动保护用品。

3、工龄计算问题：职工在停薪留职期间，应按月向原单位缴纳退休养老基金、待业保险基金等，缴纳的可以计算连续工龄，不缴纳的不计算连续工龄。其缴纳的数额(含个人缴纳部分)，不少于职工在停薪留职前月工资总额的25%，职工停薪留职期间或期满后回原单位工作符合退休年龄时，由原单位办理退休手续。

4、工伤事故处理问题：职工在停薪留职期间被聘用的，正常死亡或伤亡或发生伤亡事故，由聘用单位负责处理，造成丧失劳动能力或死亡的，其各项费用由聘用单位负责。

职工停薪留职后自谋职业的。如发生正常或意外伤亡事故的，一律作为非因工处理。其抚恤费用原单位按有关规定发给。

5、职工在停薪留职合同期满要求继续停薪留职的，应在合同期满前向原单位申请，经批准后续订停薪留职合同；如在合同期满后又未办续订手续的，15天内不回原单位报到的，原单位可以除名。

6、职工在停薪留职期间被司法机关送去劳动教养、被判刑的，原单位可以按辞退或开除处理。