投资成本扣除时存在的税务风险：

风险一：初始投资成本是否能全部扣除的风险。

自然人用非现金资产投资，根据个人所得税法相关规定，如果个人资产评估增值后投资应在投资时即征收个人所得税。如果在投资环节未缴纳个人所得税，税务机关将按照规定追缴税款。同时，计税成本为评估增值纳税后的价值。

提醒：自然人股东转让股权时，要注意用非现金资产投资时，在投资环节是否缴纳了个人所得税。

风险二：扣除追加投资成本时被追查是否涉税的风险。

自然人的股权很多情况下不是一次投资，而是累计多次投资形成的。有多种增资形式会涉税，例如被投资企业用评估增值的资产增资、盈余积累转增资本等，如果在增资环节未纳税，在转让环节会有被税务机关追查并要求补缴税款的风险。

例如，A公司注册资本2000万元，甲、乙两自然人分别持有该公司80%和20%股权，甲欲将持有的股权全部转让给丙，A公司在甲转让股权前曾以其土地使用权评估增值1200万元进行增资，如果在增资时未代扣代缴税款，在甲转让股权时，税务机关会认定：甲应先行补缴个人所得税192万元(1200×80%×20%)，然后才能确认其股权转让的计税成本2560万元(2000×80%+1200×80%)。

低价转让理由是否充分正当的税务风险：

风险一：亏损概念理解分歧的风险。

根据相关规定，低价转让连续3年以上(含3年)亏损的投资企业是允许不被核定征收的。这里所称的亏损，税收文件没有具体规定是会计核算的亏损还是税法判断的亏损。在一般意义上讲，亏损指按照会计规定计算出的亏损，但存在一定的税务风险，即税务机关可能从税务管理的角度认为应审核其亏损的真实性。税务机关在开具不征税证明前，可能结合审查被投资企业近3年的企业所得税年度申报表，而不是仅通过企业的财务报表判断是否不征税。

提醒：自然人转让股权时，必须注意被投资企业是否亏损及亏损额的计算等风险。

风险二：无偿转让有关手续的被核查风险。

按照有关规定，无偿转让给近亲属是不涉及个人所得税的，文件列举的近亲属包括“配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人”，超过以上范围的无偿转让会被税务机关核定转让股权的计税依据。税务机关会严格按照上述所列的范围进行审核，包括转让方提供的公证机构出具的赠与人和受赠人亲属关系的公证书、抚养关系或赡养关系公证书(或乡镇政府或街道办事处出具的抚养关系或赡养关系证明)、《继承公证书》等相关证明以及《个人股东变动情况报告表》等。

提醒：自然人股东转让股权提交的上述有关手续，一定要符合国家税收政策规定，包括形式要件、实质要件均要规范、齐全、完整。

转让价格中存在的税收风险：

风险一：原价转让股权、退股的，存在被核定计税依据的风险。

现实中大量存在自然人股东原价转让股权或退股的情况，一般表现为将其股权原价转让给其他股东，或直接原价退股等形式。

为避免纳税人以平价转让股权逃避缴纳税款，国家税务总局曾发布《关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》(国税函〔2009〕285号)、《关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》(国家税务总局公告2011年第41号)、《关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》(国家税务总局公告2010年27号)等文件，就原价转让、退股等价格偏低的正当理由进行规范。

根据相关规定，对申报的计税依据明显偏低且无正当理由的，税务机关可采取以下核定方法：

一是参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。

二是参照相同或者类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格核定股权转让收入。

三是参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格核定股权转让收入。

提醒：自然人股东在转让股权时要注意转让价格的真实合理，以免被税务机关核定征收。

风险二：转让的资产包括无形资产等，存在被核查的风险。

国家税务总局公告2010年第27号规定，对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等资产合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额必须经过中介机构评估核实。

提醒：知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权往往蕴含着较高的隐含增值，股权转让价格如果未包括其隐含增值，税务机关会怀疑其股权转让价格的真实性，甚至对中介机关出具的评估报告会进一步核查。在此类业务中，选择一个执业水准较高的中介机构对其无形资产先进行评估再转让不失为规避税收风险的好方法。