按照我国《民事诉讼法》及最高院司法解释的规定，合同纠纷，由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。同时，法律赋予当事人协议约定管辖法院的权利，即合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反民诉法对级别管辖和专属管辖的规定。

在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定;没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。

对于被告所在地，人们一般不会有歧义。而对于股权转让的合同履行地，应为股权转让的目标公司的公司注册地。因为，公司股权转让纠纷的特殊性在于转让行为需要向公司注册地的登记机关履行相应手续方可完成(如果是外资企业，在工商变更之前还需要商务主管部门的批复，否则股权转让合同不生效)，因此，以公司注册地作为此类案件的管辖地也是国际上通行的做法。

【案例解析】

案例概要：

A公司与B公司于2013年底签订《产权交易合同》，由A公司向B公司（国有企业）受让目标公司股权。《产权交易合同》就标的股权数量、股权转让款金额、交易方式及违约责任进行明确约定。同时，《产权交易合同》还约定“如果政府相关部门未能审批通过此次股权交易的，B公司应当在收到A公司书面通知后3日内退回A公司已支付的全部股权转让款。”《产权交易合同》中对争议解决方式的约定为“双方依法向上海有管辖权的人民法院起诉”。

A公司住所地在上海市X区，B公司住所地在北京市，目标公司住所地在上海市Y区，产权交易所住所地为上海市X区。

2014年初，A公司依约向产权交易所支付全部股权转让款[2]。2014年8月，上述股权转让交易未获得政府相关部门的审批，A公司得知该消息后及时向B公司进行通报。B公司于接到该书面通知后的第30日向A公司全额无息返还股权转让款。A公司认为，B公司迟延返还股权转让款的行为构成违约，应当承担违约责任，故拟提起诉讼。

2015年2月4日，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》公布施行。