首先，直接证据在司法实践中多表现为言词证据，言词证据的重要特点之一是易受到人的主观因素的影响而有失真的可能性。直接证据的数量少，且不易获取。而间接证据，就是指不能直接证明案件的事实，但能和其他证据联系起来，共同证明和确定案件事实的证据。所以只要间接证据正确运用是可以立案的，以下便是间接证据的运用原则：

(一)、间接证据必须客观真实。要对收集到的间接证据逐一查证落实，查明每个间接证据的真实性和合法性，保证每个间接证据本身真实可靠。如提取的物质痕迹是不是犯罪行为留下的，鉴定结论所依据的材料是否可靠等。间接证据的客观真实性是正确运用推理的基础。如果间接证据本身不可靠，当然不可能做出正确的结论。这个规则对于审查各种证据都是普遍适用的。在办案中的间接证据数量较多，关系复杂，真假并存，这就需要对于每个间接证据反复查证，以确定其真实性。

(二)、间接证据必须与案件事实存在客观联系。这是运用间接证据认定案件的前提条件。要判明各个间接证据与案件的主要事实在客观上是否有内在联系，防止把那些与案件毫无关系的材料，当作间接证据加以收集和使用。间接证据与案件事实的客观联系是多种多样的，它们可能是引起犯罪的原因;是决定、制约犯罪的条件;犯罪造成的后果;是伴随犯罪而发生的情况，等等。由于存在着各种复杂的内在联系，所以仔细地分析它们之间是否具有客观的内在联系，有什么样的联系，要防止把只有表面上的联系当作客观的内在联系，而作为间接证据使用，延误诉讼时间，影响查明案件的真实情况。

(三)、间接证据之间以及间接证据与案件事实之间必须协调一致。所有间接证据要环环相扣，协调统一，互相印证，结合起来必须能够形成一个完整的证明体系。在这个证据体系中，各个证据必须互相一致，不能互相矛盾，互相脱节，如果间接证据之间不相符合，互相脱节，就应当通过进一步调查研究，查证清楚之后，才能确定其证明效力。

(四)、所有查证属实。准确可靠的间接证据结合起来，只能得出一个结论，证明一个唯一的事实，并且排除了其他一切可能性。