对于涉违章建筑的合同处理问题，根据司法被动性、行政权及司法权分开的原则，法院不应当处理违章建筑的责任问题。法院只应当审查当事人之间的争议（原告的主张是否成立）。在处理上述案件时应当认定合同有效。然后，根据当事人的主张，具体问题具体处理。如审查双方当事人是否明知属于违章建筑、是否存在违约行为、是否具有合同解除、无效（去除违章问题）等情况，作出判决。

一、解决房地产纠纷的途径有哪些

按照有关法律和政策规定，发生房地产纠纷后可区别不同情况，通过下列途径解决：

1、拆迁人与被拆人因拆迁补偿、安置等发生纠纷，双方协商达不成协议的，由批准拆迁的主管部门或房屋拆迁主管部门的同级人民政府裁决，当事人对裁决不服的，可在接到裁决书之日起15日内向法院起诉。

2、凡以房屋为标的物的房屋确权、使用、买卖、租赁、典当、抵押等民事行为发生的纠纷，以及与房屋相关联的房屋装修、装潢、设计、附属设施的归属纠纷，当事人有权直接向人民法院提起民事诉讼。

3、单位内部建房、分配公房使用权，是单位内部行政管理行为，职工对分房有意见，或者单位分房不合理引起的纠纷不属于法院受理范围，而应由本单位或者有关行政部门解决。

4、因为有关部门审批建筑不当，影响他人通风、采光或者由于污染引起的纠纷，当事人可向有关部门申请解决，也可以向法院提起行政诉讼。

5、单位分给职工住房使用权并订有分房合同的，职工由于本人原因离职、辞职，或被单位开除时，单位根据合同要求收回公房使用权，由此引起的纠纷可向法院提起民事诉讼。

6、因违章建筑引起的房产纠纷，以及因违章建筑的认定、拆除引起的纠纷，行政机关不依法处理或处理不当，当事人不服的，可以作为行政案件提起诉讼。但是，当事人以违章建筑物为标的发生的买卖、租赁、抵押等民事纠纷以及因违章建筑妨碍他人通风、采光等引起的相邻纠纷，可以作为民事案件向法院起诉。

二、违约金问题的处理办法有哪些

根据《民法典》的有关规定，对于当事人在合同中约定的违约金或者违约金计算方法所计算出的违约金过高或者过低的，在具体司法实践中如何处理，应当按照以下原则处理：

1、当事人没有提出合同中约定的违约金计算标准过高或者过低的，人民法院应当根据合同约定的标准计算违约金。人民法院在当事人未提出要求调减或者调增违约金的情况下，不得主动对约定违约金标准进行调整。当然在违约金数额明显高于非违约方的实际损失时，法官可以对当事人进行必要的释明，由当事人决定是否提出相应的主张。

2、当事人提出合同违约金或者计算标准过高或者过低的可由当事人之间进行协商，如果达不成新的协议法院可以参照同类案件违约金的中等标准予以核定，无法确定上述标准的，可以按照非违约方因违约行为所造成的损失为参照，但是违约金本身一般是损害赔偿额的预定，非违约方在诉讼中无需证明损害事实，对于因违约所造正的实际损失应当由请求减少违约金的违约一方当事人负举证证明的责任。在判断约定的违约金是否过分高于造成的实际损失以及在决定减少的具体幅度时，要将违约金与实际损失之间的差额作为重要的考量因素，同时还应当考虑债权人的其他合法权益，比如寻找替代交易的难易程度、是否信赖该合同依约履行而签订了连环合同、当害人之间的交涉能力是否平等、是否使用了格式合同条款以及债务人是够属于故意违约等。