公司的股权纠纷的处理办法如下：

1、股权转让双方之间的纠纷应列合同的相对人为被告，涉及到公司利益的，应列公司为第三人；

2、涉及其他股东优先购买权的诉讼纠纷应列出让股权的股东为被告，公司为第三人，涉及其他的股东利益，一并追加为第三人；

3、瑕疵出资股权转让引起的纠纷若是股权受让方明知出让方出资存在瑕疵仍受让的，对未按期足额的欠缴出资部分，债权人或者公司有权将股权受让方列为被告，要求承担连带补充责任。

股权纠纷案例

［案情介绍］：丁某与常州的吉某在2002年5月13日收购了频危破产的常熟市某乡镇企业，用于生产高尔夫球杆，丁某出资32万、占40％股份，吉某出资48万，占60％股份。由于丁某出色的经营管理能力，该公司在短短十几年内规模逐渐壮大，摇身一变成了资产雄厚的该行业的领头羊，企业一直未分过红；2006年3月23日吉某到工商管理部门进行了增资，变更注册资本为1080万元，其中丁某出资270万，占25％的股份，吉某出资810万，占75％股份。2006年5月9日，该公司更名为常熟市某钢管有限公司（下称钢铁公司）。

2007年11月，丁某在工商部门无意查询企业资料时突然发现自己已不再是该钢管公司的股东。工商登记材料中一份《股权转让协议》让其大为吃惊。该协议表明自己早在2006年8月28日就将自己名下的所有钢管公司的股份转让给了江苏某公司（下称A公司），并与9月28日在工商部门作了股东变更登记。而《股权转让协议》和2006年8月28日股东会决议中的丁某之名均非自己的亲笔签署。丁某平日的工作事务繁忙，可他忘不了2006年的8月28日，因为刚巧那天是自己亲自开车送几位工作人员去山东进行专业培训，又用自己的身份证登记在山东住宿一晚。人在山东怎么可能参加了股东会议？又怎么可能无偿的转让了自己所有的股份？！想到自己任劳任怨辛苦经营多年却被人在暗中欺骗，丁某气愤之余更多的是伤心。

情急之下丁某找到了吉某，吉某却置自不理，出于无耐，丁某聘请了律师，讲述了自己的遭遇。两位律师决定接受丁某的委托，为他讨回公道。在接下来的日子里两位律师经过多方面调查取证、研究诉讼角度、分析对方可能提出的应诉反驳证据、搜集准备证据材料，最后一致决定通过一个确权之诉恢复丁某的股东身份。

2007年年末，律师一纸诉状，将钢管公司和A公司一同告上了法院。诉讼请求为：1、2006年8月28日的《股权转让协议》无效；2、2006年8月28日以后钢管公司形成的一切股东会决议无效；3、确认丁某为钢管公司的股东，享有25％的股权。4、诉讼费由两被告承担。由于案件标的较大，案情比较复杂，法院受理了本案。

正当律师等待法院安排开庭时，丁某突然来到所里称对方要与他谈判。律师听后觉得如果可以通过和解达到目的，即解约诉讼成本又比较便捷，于是告之对方，谈判可以，但由律师出面进行。

谈判的过程是复杂的，对方的代理人自称是法院的付院长咄咄逼人，律师为了当事人的利益毫不让步，步步紧逼。经过数小时的艰苦谈判，三方终于达成了一致，约定两被告支付丁某25％的钢铁公司的股权转让费及红利等费用308万，作为交换，丁某立即向法院递交撤诉申请。协议拟定后，由于三方的不信任，两律师建议一同前往苏州市中级人民法院，全面、适当地履行协议中约定的权利和义务，三方听后均表示赞成。2008年1月9日在苏州市中级人民法院，原被告签订了协议并当即履行了义务。事情终于如丁某所愿在年前圆满解决了，丁某对律师不胜感激，称自己终于可以安心的和家人过个好年了。

［律师提醒］随着经济的发展，合伙经营公司极为普遍，律师希望各公司股东在经营期间同样要注意对自己权益的保护，防患于未然，杜绝类似问题的发生，建议在成立公司前就聘请律师把关，强化风险的抵御能力。

《中华人民共和国民法典》第五百三十三条合同成立后，合同的基础条件发生了当事人在订立合同时无法预见的、不属于商业风险的重大变化，继续履行合同对于当事人一方明显不公平的，受不利影响的当事人可以与对方重新协商；在合理期限内协商不成的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构变更或者解除合同。

人民法院或者仲裁机构应当结合案件的实际情况，根据公平原则变更或者解除合同。