一、查询的准确性无法得到绝对的保障。任何国家和机构都不保证查询的绝对准确性，造成这种情况的原因主要是供查询的档案不够完备、不够准确以及检索人员对官方关于近似的审查尺度把握不准确，将应该视为近似的商标视为不近似而不予报告，不应视为近似的却判断为近似。

二、从查询的范围上看，某些国家只能查文字及数字商标，不能查图形商标。相对说来，文字商标及数字的查询比较简单，而图形商标的查询工作量大且难度较高，使得部分国家不接受关于图形商标的查询。因此，在这些国家，人们无法在申请前通过查询来获得在先注册或申请的图形商标商标的情况，因此不可能对是否会在申请过程中遇到障碍做到心中有数。

三、新提交的申请要经过一段时间才能供人查询。新提交的申请通常要等数星期才能获得官方的收据。而申请日期，申请号、商标图样、商品、申请人名称地址等信息要在官方收据发出后才能被输入电脑数据库或记录在商标文献库内。因此，会有一部分提交不久的申请无法通过查询查出，而在这部分申请中就可能存在对查询人所要提交的申请构成障碍。

四、要求优先权的申请可能对查询之后提交的申请构成障碍。《巴黎公约》规定，任何《巴黎公约》成员国的申请人在向某一成员国提交商标注册申请后的六个月内，都可以在向另一成员国提交同一商标的注册申请时要求优先权，即将其第一次申请的日期作为申请日期。因此，有的商标申请可以通过要求优先权获得一个较早的申请时期，从而可能对实际提交日期在前的商标申请构成障碍，由于这种情况的不可预知性，商标查询也就无能为力。

五、较难查明跨类近似的商标。在多数国家，查询是按照商品及服务的分类进行的，但在《商标注册用商品及服务国际分类》及其它一些国家或地区的分类中，都存在着跨类近似的问题。如在中国国家工商局商标局使用的《类似商品区分表》中明确写明：国际分类表第21类的“化妆用具”与第3类的“成套化妆用具”类似，第9类的“电焊设备”与第7类的“焊接设备”近似。

还有一些商品虽然未在商品区分表中列明为跨类近似，但根据商品的性质、用途，有可能被审查官认定与另一类别的商品近似，如某个使用商品为第7类的“火花塞”的商标申请经异议后被裁定与已注册的使用在第12类“汽车上使用的火花塞”的另一商标近似。对于这类商品，仅在一类商品上进行检索是不够的，只有依赖具有丰富商品分类知识的专业人员的建议，在多个类别上进行检索才能尽量避免漏掉可能构成障碍的商标注册或申请。

六、可能构成障碍的驰名商标不在查询的范围内。根据《巴黎公约》的规定，对未注册的驰名商标应加以保护，而某个商标是否驰名，要由各国商标主管当局或法院根据具体情况去判定。因此，商标检查无法查出的某个未注册商标如果被认定为驰名商标而根据《巴黎公约》享受保护时，就可能对与其近似的商标构成障碍。还有，对驰名商标的保护往往不限于其注册的类别和商品，这也是在进行商标查询之前必须了解的。如某一生产饮料企业的商标并未在“服装”上进行注册，但由于被认定为驰名商标，另一企业在服装上注册的同样商标就被依法撤销。