人民检察院直接自行侦查的案件主要有以下三类犯罪案件：

1、贪污贿赂犯罪。

这类犯罪是指刑法分则第8章规定的国家工作人员贪污案，贿赂案，挪用救灾、抢险等款物案，挪用公款案，巨额财产来源不明案，隐瞒不报境外存款案等，以及其他章节中明确规定按照刑法分则第8章贪污贿赂罪的规定定罪处罚的犯罪。

2、国家工作人员的渎职犯罪。

根据刑法分则第9章的有关规定，这类犯罪包括国家工作人员玩忽职守案，泄露国家秘密案，徇私枉法案，徇私舞弊案，私放在押的犯罪嫌疑人、被告人或者罪犯案等。另外，刑法分则第4章第248条规定的监管人员殴打、体罚、虐待被监管人罪，由人民检察院管辖。

3、国家机关工作人员利用职权实施的侵犯公民人身权利和民主权利的犯罪。

主要是指国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁案、刑讯逼供案、报复陷害案、非法搜查案、暴力取证案以及破坏选举案等。

除上述三类犯罪案件外，刑事诉讼法第18条第2款还规定了国家机关工作人员利用职权实施的其他重大犯罪案件，对此应理解为是人民检察院以立案侦查的方式，加强对公安机关立案侦查活动的个案监督。对于大部分刑事案件的立案侦查活动应当严格依照刑事诉讼法的规定进行，只有当出现极个别的国家机关工作人员利用职权实施的其他重大犯罪案件，确实不宜由公安机关立案侦查，必须由人民检察院直接管辖的，经省级以上人民检察院决定，才可以由人民检察院立案侦查。对于司法实践中有案不立、有罪不究、以罚代刑等问题，人民检察院应当根据刑事诉讼法第87条的规定，通知公安机关立案侦查。

刑事诉讼法第18条第2款的上述规定应属于检察机关直接受案方面的弹性规定，但必须在具体执行中严格掌握，不宜做任意扩大解释。由人民检察院直接受理的上述刑事案件，其犯罪主体限于国家工作人员，而且属于国家工作人员职务上的犯罪或者利用职务上的便利进行的犯罪。人民检察院是国家的法律监督机关，对国家工作人员是否遵守法律负有特殊的监督责任。所以，法律规定这些与国家工作人员职务有关的犯罪案件，由人民检察院立案侦查，是同人民检察院的性质及其法定职责相适应的。

由人民检察院直接立案侦查的刑事案件主要有三种，一种是贪污受贿的犯罪，一种是国家工作人员的徇私舞弊渎职等犯罪，还有一种是国家工作人员利用职权侵犯公民的犯罪，像非法拘禁、暴力取证等等。