商业秘密侵权诉讼的举证责任问题涉及到侵权诉讼归责原则的适用。一般认为商业秘密侵权诉讼的归责原则为过错责任原则，但鉴于商业秘密侵权之隐蔽性的特点，司法实践中对商业秘密之秘密性的认定、被告对原告的商业秘密采取了不正当竞争行为的认定法院采用了事实推断的方法。司法实践中允许根据法律规定或者已知事实和日常生活经验法则进行推断，而“过错推定原则”的适用须有法律的明文规定，因此事实推断并不等于“过错推定原则”的适用。商业秘密侵权诉讼并不存在“过错推定原则”适用的情形。

商业秘密侵权诉讼的举证责任问题是目前学术界探讨的比较少的一个领域。举证责任问题的研究以侵权责任的构成为源头，而侵权责任的构成要件又由侵权行为的归责原则所决定。

侵权行为的归责原则，是指在侵权行为或物件造成他人损害的情况下，应当根据何种规则和标准而使行为人承担责任。我国民事侵权法理论一般把归责原则分为三大类：过错责任原则、无过错责任原则和公平责任原则。过错责任原则要求侵权人承担侵权责任的前提是侵权人主观上具有过错，即故意或者过失。无过错责任原则，是指不问行为人主观上是否具有过错，只要其行为与损害后果间存在因果关系，就应承担民事责任的归责原则。公平责任，又称为衡平责任，是指当事人双方在对造成的损害均无过错的情况下，由人民法院根据公平的观念，在考虑当事人的财产状况及其他情况的基础上，责令加害人对受害人的财产给予适当补偿。上述三种归责原则均为我国的民法所确认。

在过错责任原则中存在一种特殊形态的归责原则，即过错推定原则。过错推定原则是过错责任原则在司法实践中的具体应用。这种归责原则所确定的责任构成要件方面，以及过错推定责任所具有的制裁、教育、预防、确定行为标准等功能方面，同过错责任原则基本相同，但二者仍然存在一些不同之处：

二者在举证责任的分配上不同。过错责任原则采取“谁主张谁举证”的原则，因此由提出主张的一方当事人承担举证责任。而在过错推定原则下，举证责任发生了倒置，提出主张的一方无需就行为人的过错负举证责任，相对方只有证明自己没有过错或者存在法律规定的抗辩事由才可以免责。