侦查起诉期间发现新罪该如何处理？检察院在审查起诉阶段发现有新的犯罪事实，在事实清楚、证据充分的情况下，可以直接起诉，或者退回公安机关补充侦查，属于检察院管辖范围内的自行侦查。相关规定：《刑事诉讼法》第一百七十一条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。相关知识

1、人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限。另外，《刑事诉讼法》第一百四十条规定，对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕，补充侦查以2次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

2、综上所述，一个案件一般情况下在审查起诉阶段审限最长为：1．5月1月1．5月1月1．5月6．5月。但是如果是改变管辖或上报案件，是不是“从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限”，又有6．5月的审查期限呢？答案却是否定的，根据《人民检察院刑事诉讼规则》第二百七十一条的规定，“改变管辖前后退回补充侦查的次数总共不得超过两次”，所以改变管辖（包括上报）的案件退补也最多不超过2次，因此改变管辖（包括上报）的案件审限最长为1．56．58个月。

3、审查起诉阶段的审限，对于我们提高办案效率，防止超期羁押具有重大意义。但在理论上，如果一个基层检察院如果退补两次再上报上级检察院，那么留给上级检察院的审限就只有1．5月，而上报案件一般都是重大、疑难、社会影响比较大的案件，需耗费的精力和时间也相对较多。而且，这种案件一般不能采用改变强制措施的变通规定，如果由于审限的原因导致案件不能顺利诉讼，就太遗憾了。所以，笔者建议，在检察系统内部，对改变管辖和上报案件在补充侦查的问题上，应有相关规定，即禁止或限制最先受理案件检察院的补充侦查次数，保证最终受理案件检察院的审查起诉的时间。由此可见，针对在侦查起诉期间又发现新的犯罪事实的情况，如果事实清楚且证据充足，我们可以选择直接进行上述，如果证据不充分，可以选在退回公安机关进行补充侦查，或者在检察院的范围内自行侦查。但值得注意的是，对于补充侦查的案件，应当在一个月内补充侦查完毕，且补充侦查不得超过2次。