根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第四条，农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。

农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。

可见，农民集体所有土地用于非农业建设的，才需要给使用权人发给土地使用证，发证机关为县级或者市级土地管理部门。

一、商品房土地使用证办理流程

土地使用证办理流程主要有以下四项，如果是商品房，有房产证就可以去国土资源管理部门办理了，现在很多地方都是房地产产权证就已经包含了土地使用证。

(一)办理国有土地使用证(一级市场)

所需资料：

1、企业工商执照(复印件)；

2、法人机构代码证(复印件)；

3、法定代表人身份证(复印件)；

4、规划许可证与规划红线图；

5、企业的入园协议(复印件)；

6、出让宗地界址图；

7、宗地界址图；

8、招、拍、挂的资料和销售确认书；

9、国有土地使用权出让合同；

10、土地使用权出让金缴讫凭证(带原件现场查验后复印)；

11、契税缴讫凭证；

12、土地审批单；

13、土地征用的证明材料。

(二)二级市场办证

所需资料：

1、转、受让双方企业工商执照(复印件)；

2、转、受让双方法人机构代码证(复印件)；

3、转、受让双方法定代表人身份证(复印件)；

4、规划许可证与规划红线图；(复印件)

5、转让协议；

6、转让宗地界址图；

7、宗地界址图；

8、土地使用权转让金缴讫凭证(带原件现场查验后复印)；

9、其它税费缴讫凭证；

10、转让地块的国有土地使用权证(原件)；

11、协办函(国土分局)

(三)办理建设用地许可证

所需资料：

1、国有土地使用权出让(转让)合同、审批单；

2、省、市、县土地征用审批单；

3、土地征用经线图或国有土地划拔、出让、转让宗地图；

4、建设用地规划审批单、建设工程规划审批单；

5、建设用地放线，验线单；

6、建设项目产项文件、批复；

7、建筑布局平面图、建筑设计平面图；建设用地申请报告；

8、土地使用证的复印件、法人身份证明(已具备第h项资料的不需要第a、b项资料。

(四)办理(土地抵押)他项权证

所需资料：

1、抵押人、抵押权人双方企业工商执照(复印件)；

2、抵押人、抵押权人双方法人机构代码证(复印件)；

3、抵押人、抵押权人双方法定代表人身份证(复印件)；

4、贷款(抵押)合同

5、土地评估(备案)；

6、协办函(国土分局)。

办证费用

每户需交纳权属调查费、土地证书工本费、印花税合计38元，此外，每户还需交纳建筑用地拨地打桩、地籍测绘、控制测量、数字制图、数据化数据入库五项费用。按宗地面积计算相关费用，各户分摊，五项费用达不到180元的，按实际数额收取，超过280元的按280元收取。特困户、残疾人、下岗职工、离休干部家庭减半，老红军免收费用。

二、国有土地的土地使用证办理流程

根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五条，单位和个人依法使用的国有土地，由土地使用者向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级以上人民政府登记造册，核发国有土地使用权证书，确认使用权。其中，核心国家机关使用的国有土地的登记发证，由国务院土地行政主管部门负责，具体登记发证办法由国务院土地行政主管部门会同国务院机关事务管理局等有关部门制定。

根据《中华人民共和国城市房地产管理法》第六十一条，以出让或者划拨方式取得土地使用权，应当向县级以上地方人民政府土地管理部门申请登记，经县级以上地方人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府颁发土地使用权证书。

根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第六条，依法改变土地所有权、使用权的，因依法转让地上建筑物、构筑物等附着物导致土地使用权转移的，必须向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行土地所有权、使用权变更登记。

土地所有权、使用权的变更，自变更登记之日起生效。依法改变土地用途的，必须持批准文件，向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行变更登记。

根据《中华人民共和国城市房地产管理法》房地产转让或者变更时，应当向县级以上地方人民政府房产管理部门申请房产变更登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级人民政府土地管理部门申请土地使用权变更登记，经同级人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府更换或者更改土地使用权证书。