某些仲裁条款可能约定两家或两家以上的仲裁机构。2006年司法解释第五条规定：“仲裁协议约定两个以上仲裁机构的，当事人可以协议选择其中的一个仲裁机构申请仲裁；当事人不能就仲裁机构选择达成一致的，仲裁协议无效。”许多国家的商事仲裁机构都不只一个。中国现有仲裁机构已经超过200家。在这种情况下，当事人拟订仲裁条款时可能选定两个或两个以上的仲裁机构。在此前的仲裁实践中，包括最高人民法院在内的各级法院，对于约定两个仲裁机构的仲裁条款，均持宽容的态度。

但按2006年司法解释第五条规定，则在仲裁协议约定两个以上仲裁机构且当事人未能协议选择其中的一个仲裁机构申请仲裁时，仲裁协议无效。该规定推翻了此前司法实践和最高人民法院自己原有对于该问题的看法。

一种特殊的情形是当事人约定了两家仲裁机构，但作了唯一性限定。例如，深圳市粮食集团有限公司诉来宝资源有限公司（新加坡）买卖合同纠纷案中，双方当事人在主合同中约定：“由合同履行引起的争议，任何一方可提交仲裁，如果被告是买方，争议提交香港国际仲裁中心；如果被告是卖方，争议提交给伦敦谷物与饲料贸易协会仲裁。由合同引起的争议均按照英国法解决。”最高人民法院作出《关于深圳市粮食集团有限公司诉来宝资源有限公司（新加坡）买卖合同纠纷一案的请示的复函》，

认为，当事人在主合同中签订的仲裁协议虽然涉及两个仲裁机构，但从其具体表述看，无论是买方还是卖方申请仲裁，其指向的仲裁机构均是明确的且只有一个，仲裁协议应认定有效。对于因主合同产生的纠纷，深圳市粮食集团有限公司应依据约定的仲裁协议通过仲裁方式解决，人民法院无管辖权。

国外一些法院并不简单认定两个仲裁机构约定的条款无效。例如，ＵＯＰ

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ａｌ中，合同在不同地方分别规定了在法国仲裁协会进行仲裁和在国际商会进行仲裁的条款。上诉法院认为指定两个不同的仲裁机构是相互矛盾的，需要当事人新的仲裁意愿才能使仲裁条款生效，因此上诉法院对所涉案件具有管辖权。最高法院否定了上诉法院的理由。最高法院认为，如果要认定仲裁条款无效或无法适用，该条款必须表明当事人没有仲裁的意愿。最高院撤销了上诉法院的裁定。