看具体情况定。三方协议上面有填写档案的去留地方，如果公司有档案保存权，则可以填写转到公司，那么档案会转去公司；如公司没有档案保存权，则可以和公司协商转去公司所在地的人才市场；如实在不想转去单位也可以打回原籍自行处理。三方协议是《普通高等学校毕业生、毕业研究生就业协议书》的简称，它是明确毕业生、用人单位、学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，能解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题。

一、三方协议和劳动合同单位不一致怎么办

三方协议是没有中介公司的，这个不代表劳动合同，一般是还没毕业的学生才用的。现在需要签订是劳动合同，而不是这个协议。公司不给签合同，需要保存自己在单位工作的证据，如考勤卡，工资卡等，等以后不想做的时候，向劳动保障部门投诉，因为按照劳动法规定，如果不签订劳动合同的，从第二个月起，必须支付双倍工资，而且辞职的时候必须对进行经济补偿

三方协议是《全国普通高等学校毕业生就业协议书》的简称，它是明确毕业生、用人单位、学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，能解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题。协议在毕业生到单位报到、用人单位正式接收后自行终止。

三方协议一旦签署，就意味着大学生第一份工作就基本确定，因此，应届毕业生要特别注意签约事项。高校就业办一位老师说，大学生签三方协议前，要认真查看用人单位的隶属，国家机关、事业单位、国有企业一般都有人事接收权。民营企业、外资企业则需要经过人事局或人才交流中心的审批才能招收职工，协议书上要签署他们的意见才能有效。应届毕业生还要对不同地方人事主管部门的特殊规定有所了解。

二、毕业生就业协议书是三方协议吗

一、毕业生就业协议书是三方协议。三方协议不等同于劳动合同。

1、就业协议书是三方协议。就业协议书指的是《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，三方协议是《普通高等学校毕业生、毕业研究生就业协议书》的简称，它是明确毕业生、用人单位、学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，能解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题。

2、协议在毕业生到单位报到（凭《全国普通高等学校本专科毕业生就业报到证》或《全国毕业生研究生报到证》）、用人单位正式接收后自行终止。

二、三方协议的有效期内容包括：

1、要是没有签订，毕业以后两年之内都是可以签订三方协议的；

2、要是已经签订了三方协议，拿到毕业证以后就可以拿着三方协议，毕业证，报到证，到单位去报到。此时，三方协议就失去作用了。

三、签三方协议的注意事项包括：

1、要看填写的用人单位名称是否与单位的有效印鉴名称一致，如不一致，协议无效，填写自己的专业名称时，要与学校教务处的专业名称一致，不能简写；

2、外企、合资企业、私企一般采用试用期，根据合同期的长度，可以从1-3个月不等，通常试用期为3个月，不得超过6个月。国家机关、高校、研究所一般采用见习期，通常为一年；

3、不少单位为了留住学生，以高额违约金约束学生。学生在协商中要力争将违约金降到最低，通常违约金不得超过5000元。

综上所述，三方协议是明确毕业生、用人单位、学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。三方协议能解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金、改派等一系列相关问题。三方协议在毕业生到单位报到、用人单位正式接收后自行终止。