1.二者性质不同。基金会就其特征而言,属于以公益为目的的法人,以法人的形式存在,有学者称为公益法人,基金会接受的资金属于捐赠财产。而公益信托,作为以公益为目的的信托,其性质大多数认为属于契约,以契约形式存在[2]。以发展的眼光来看,在任何一个国家中都应当存在一种受国家控制的并且在名称上受到国家保护的长期性组织(这种组织在德国也被称为基金会),同时,也应存在另一种不受国家监督的长期性的组织。第一种组织为那些希望其事业或名誉被人纪念的捐赠人提供了最大程度上的保障。为使这类捐赠人获得捐赠上的动力,设计这样一种组织也是必要的。但也有另外一种捐赠人,他们不希望受到国家的控制,他们认为慈善是个人的事情,只有依靠个人的积极性不足以维持时,国家干预才能介入(这种设计在德国法中被称为社团)。在保证服务于公益目的的同时,又能满足不同主体的要求,这就要求不同的设计模式,公益信托提供了选择。

2.财产独立性不同。在基金会中,当财产捐赠于基金会后,财产所有权便转移到基金会名下,财产便丧失独立性。但在公益信托中,出托后财产仍是独立和封闭的,财产没有转移到受托人名下,受托人的任何经济纠纷甚至破产都不会影响财产的存在和使用。而财产的独立性和安全性将直接影响捐赠目的的实现,即公益目的的实现。

3.成立方式和要求不同。基金会作为法人,必须具备法人成立的条件,须依民法成立,除须经主管机关许可外,尚须予以登记。如我国规定必须资金不低于200万人民币,有自己名称、章程、组织机构和活动场所,并独立承担责任。但对于公益信托则没有资金、结构、存续时间的限制,仅须经特定主管机关许可。相对于基金会具有门槛低,成本低,弹性强的优点,在设立上比较容易。另外,公益法人成立后不得任意解散,但公益信托则无此问题,因此就不具永久存续性质的公益活动,公益信托提供较为弹性的选择。

4.对财产的运用范围上的区别。基金会由于属于法人,为保其具有最低财产,一般不允许处分其基本财产即本金,而仅可利用其孳息。但对于公益信托则没有限制,其资金使用效率高,有助于财产的保值增值,所以较基金会更能充分发挥财产的公益救助目的。

5.二者的监督机制不同。基金会作为法人,其以内部的组织制衡为主要的监督体制,对捐赠财产安全性的外部监督难度大。而这一点也正是基金会发展以来的最大问题。而对于公益信托,由于本身完善的监察和监督制度,更能保证财产的安全性。

6.二者的税收优惠不同。对于基金会,作为法人需要交纳各种税;而作为公益信托,则可以享受诸多税收减免。这是基金会无法比拟的优势。可见虽然基金会在根本目的上亦为公共利益,但我们从分析中可见二者仍存在诸多不同,公益信托具有基金会不可替代的价值。