被告提出诉讼时效抗辩处理办法为：法院会首先审查是否超过诉讼时效，经过审查，确实超过诉讼时效的，会判决驳回诉讼请求。

诉讼时效属于民事法律事实中的事件，以权利人不行使权利的事实连续存在作为适用依据，诉讼时效产生的法律后果是消灭了权利人的胜诉权，故区别于以当事人取得民事权利为后果的取得时效和消灭实体为法律后果的除斥期间。

而当被告提出诉讼时效抗辩时，作为债权人的原告对诉讼时效的中止、中断或延长负举证责任，其未提供相关证据证明本案有诉讼时效的中止、中断或延长的事由，即应承担举证不能的法律后果，法院依法不应支持原告的诉讼请求。

一、放弃诉讼时效抗辩权的构成要件以及法律后果有哪些

(一)构成要件：

1、因放弃诉讼时效抗辩权系对义务人享有的权利的处分，故放弃权利的主体需具有权利能力、行为能力和处分能力。

2、从性质上分析，放弃诉讼时效抗辩权的行为属于有相对人的意思表示行为，故该意思表示应向相对方为之，但由于该行为同时为单方处分行为，故义务人放弃诉讼时效抗辩权无需权利人同意。

3、由于放弃权利需有放弃权利的意思表示，故放弃诉讼时效抗辩权需以义务人知道诉讼时效完成、其享有诉讼时效抗辩权为要件。如果义务人不知道诉讼时效完成、其享有诉讼时效抗辩权，则不能认定其放弃诉讼时效抗辩权。

4、一般而言，放弃诉讼时效抗辩权既可以采取明示的方式，也可以采取默示方式。明示方式指以口头、书面、当事人了解的某种符号或其他社会公众通用的表意方式进行表达或表示的方式，他人通过该表示可直接了解表意人的意思表示。默示方式是指非以社会习惯方法为表达或表示，他人根据具体情况才能推知外观意思的情形。默示方式所采用的表达方法可以是沉默加行动，特殊情况下也可以是单纯沉默。

(二)法律后果：诉讼时效期间视为未届满，义务人行使诉讼时效抗辩权拒绝给付不能成立，义务人负有的债务从自然债务转为完全债务，诉讼时效期间从义务人放弃诉讼时效抗辩权之日起重新起算。如果义务人与权利人约定了新的还款期限而其未依约履行义务，则诉讼时效期间从还款期限届满之日起重新起算。

二、诉讼时效抗辩权是什么

诉讼时效抗辩权是一方当事人拥有的权利，具有强烈的法律效力。

超过诉讼时效期限后，如果被告提出诉讼时效抗辩的，法院会驳回其诉讼请求。如果被告没有提出诉讼时效抗辩，法院将对原告的诉讼请求依法处理。

诉讼时效仅适用于请求权。当事人之间不得约定延长或者缩短诉讼时效期间或预先放弃诉讼时效利益。诉讼时效期过了，当事人丧失的是胜诉权而不是起诉权，即该权利没有了法律保护的外衣，变成了不受法律保护的裸权利。所以，权利人超过诉讼时效起诉的，法院受理后都会判决驳回其诉讼请求。超过诉讼时效期间，当事人自愿履行的，不受诉讼时效限制。

诉讼时效抗辩权本质上是义务人的一项民事权利，义务人是否行使，司法不应过多干预，这是民法意思自治原则的根本要求。

当事人一方根据实体法上的诉讼时效抗辩权在诉讼中提起的诉讼时效抗辩是实体权利的抗辩，是需由当事人主张的抗辩，当事人是否主张，属于其自由处分的范畴，司法也不应过多干涉，这是民事诉讼处分原则的应有之意。

因此，遵循上述意思自治原则和处分原则，在义务人不提出诉讼时效抗辩的情形下，人民法院不应主动援引诉讼时效的规定进行裁判，也与法院居中裁判的地位相适应。