需要保存，而且按照法律规定，至少保存两年。如果在两年之内的期限内有正当的里有需要用到离职的合同协议的，劳动者需要和原用人单位沟通协商之后使用或者补办。

一、如何办理擅自离职

劳动者擅自离职，给用人单位造成了损失的，单位可以要求劳动者赔偿损失。

《中华人民共和国劳动合同法》第五十条规定，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。

劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。

用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。

二、两年的工作合同最终解除赔偿多少

两年劳动合同解聘解聘是否赔偿以及赔偿的种类要视具体情况而定。具体情形如下：

1、用人单位无过错劳动者主动离职，此种情形下劳动者无补偿。

2、用人单位提出解除劳动合同未提前通知劳动者的，需要支付一个月的工资作为补偿。

3、用人单位与劳动者解除劳动合同需要赔偿经济补偿的情形有：

(一)未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的;

(二)未及时足额支付劳动报酬的;

(三)未依法为劳动者缴纳社会保险费的;

(四)用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的;

(五)以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的;

(六)用人单位依照本法向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的;

(七)劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的;

(八)劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的;

(九)劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的;

(十)依照企业破产法规定进行重整的;

(十一)用人单位被依法宣告破产的;

(十二)用人单位被吊销营业执照、责令关闭、撤销或者用人单位决定提前解散的;

(十三)法律、行政法规规定的其他情形。

三、公司解除合同如何补偿员工

公司解除合同补偿员工的方式如下：

1、如果双方协商一致解除合同，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；

2、如果单位没有正当合法理由单方辞退，需要按上面标准支付双倍的赔偿金。

单位解除劳动合同的流程如下：

1、制作书面解除劳动合同通知书，并且送达给劳动者，解除劳动合同通知书应当载明用人单位解除劳动合同的事实、理由及依据；

2、工作交接，用人部门安排员工依照相关规定办理工作交接；

3、结算薪资，在员工办理完毕工作交接后，财务科应当结算并支付该员工的薪资；

4、劳动合同解除，工作交接完成并结清薪资后，劳动合同即时解除；

5、出具离职证明，在解除劳动合同时人力资源科出具解除劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续；

6、备案，对解除的劳动合同的文本原稿、原电子档案以及员工过失的证据进行备案，至少保存二年备查。