刑事司法是惩治有组织犯罪的关键环节，只有通过刑事司法的一系列过程，有组织犯罪才能被侦查、起诉、审判，国家惩治和预防有组织犯罪的目的才能达到。目前，由于我国没有专门的惩治有组织犯罪的特别法律，难以形成专门指导惩治有组织犯罪的刑事司法政策，从而导致司法实践中遇到了一系列问题，主要表现在:

第一，缺乏防控有组织犯罪的专门机构。目前，虽然各级党委政法委设立有打黑办，但不是一个常设机构，公安部以及各省、市、自治区省级公安机关陆续设置了有组织犯罪的侦查组织，但是一般都附属于刑侦部门，不是一个单列的办案机构。由于刑侦部门负责侦查的案件范围非常广泛，实践中往往把主要精力投入到普通刑事案件的侦查当中，以致对有组织犯罪的防控措施无法正常运用。而各个反黑机构之间也缺少有效的沟通和协调机制，不能做到情报共享，从而影响了惩治有组织犯罪的效果。

目前，国际上许多国家和地区成立了专门防控有组织犯罪的机构。例如，意大利成立了反黑手党侦查局，专门负责调查黑手党案件，在惩治有组织犯罪方面取得了丰硕的成果。美国自20世纪60年代开始，在有组织犯罪活动猖獗的区域设立了反有组织犯罪的特别工作组，专司情报研究和报告。为了应对日益严重的有组织犯罪，英国于2006年成立了打击严重有组织犯罪署，我国香港地区在1991年成立了有组织犯罪及三合会犯罪调查科，专职负责调查有组织犯罪。这些专门的反有组织犯罪机构自成一套体系，其在情报交流、惩治有组织犯罪方面形成一股合力。我国应当借鉴这些国家和地区的做法。可以在地市以上公安机关内部成立独立的反黑机构，专门负责防控有组织犯罪的工作，其职责包括:对有组织犯罪的情报收集、处理，与其他机关开展防控有组织犯罪的情报交流，深入开展防控有组织犯罪的活动等。

第二，没有特殊的立案标准及证据收集手段。根据我国刑事诉讼法有关规定，公安机关启动侦查程序必须在立案之后，这就需要有犯罪事实的发生。由于有组织犯罪自身系统的严密性以及组织成员较强的反侦查意识，侦查机关对有组织犯罪的发现需要一个过程，往往需要提前介入调查。为此，应针对有组织犯罪的特点规定特殊的立案条件。同时，我国刑事诉讼法规定的证据收集手段相当简单，主要有讯问犯罪嫌疑人、询问证人、勘验、检查、搜查、扣押物证、书证及鉴定等，这些措施往往都需要公开进行，没有规定可以采用秘密手段来收集证据。在侦查有组织犯罪过程中，仅仅依靠这些手段来收集证据无疑是很有限的。如何在保障人权的前提下，从立法上规定必要的收集证据的秘密手段，从而保证侦查有组织犯罪的特殊需要，是我国刑事诉讼法再次修订时应当面对的问题。

许多国家的实践经验表明，利用电子监控、控制下交付等秘密侦查手段搜集证据，是有效打击有组织犯罪的措施之一。在《联合国打击跨国有组织犯罪公约》(以下简称《公约》)中也对特殊侦查手段作出了规定。为此，我国也应明确规定在侦查有组织犯罪案件时，在保障人权的必要前提下，可以采用适当的秘密手段收集证据。

第三，证人保护及污点证人制度亟待完善。我国刑事诉讼法仅原则规定:证人应当出庭作证，公、检、法机关负有保护证人安全的义务。但是由于有组织犯罪具有人数众多、罪行较多、危害后果严重等特征，它们往往在某一区域、某一行业造成人们的恐慌心理，而实践中对证人的保护又缺乏可操作性，证人作证后遭受打击报复的案件时有发生，导致证人往往不愿出庭作证，甚至不愿提供证言，使得惩治有组织犯罪的社会力量远没有发挥出来。根据《公约》的规定，各国应在其力所能及的范围内采取适当的措施，为证人及其亲属、其他与其关系密切者提供有效的保护，使其免遭可能的报复或恐吓。为此，《公约》对证人保护及作证规定了诸多保护措施，如将证人转移、不披露证人身份和下落、借助于视像连接之类的通信技术提供证言等。一些国家也进行了具体的规定，如美国司法部长被赋予保护联邦或州有组织犯罪见证人及其家属生命财产安全的职责，司法部长有权为见证人租赁、购买、改进或重建保护性房屋设施，有权为见证人及其家属提供健康、安全以及福利方面的帮助。任何见证人都有权享受所提供的一切保护。根据美国的秘密证人保护制度，对于举证有功人员，美国联邦调查局可以帮其重新建立身份档案、找新的工作，甚至帮其迁移到其他城市生活。上述这些证人保护制度值得我国借鉴。随着科技的发展，证人出庭作证的形式可以变更，如通过视像连接之类的通信技术来作证，这样既避免了证人害怕遭受打击报复的后顾之忧，也可以使证人接受控辩双方的询问，能达到与出庭作证同样的效果。在证人的保护方面，对于有证据表明证人作证可能会招致不利后果的，公安、检察机关在通过法院审查并同意后，可以不披露证人的身份;对于确需出庭作证的，作证后由相关机关将证人转移，为其提供一份全新的工作并严格保密，这些待遇还可以及于证人的近亲属等人。国家只有严密保护证人及其近亲属的安全，免除了证人的后顾之忧，才能动员社会大众的力量来共同参与到惩治有组织犯罪的行动当中。

此外，对于在有组织犯罪侦查中常见的污点证人，许多国家规定予以豁免或减轻处罚。因为污点证人本身就是有组织犯罪集团中的成员，其更全面地掌握该组织成员的信息以及犯罪行为，如果出来作证能更好地起到瓦解、惩治有组织犯罪的效果。污点证人司法豁免制度基于人性基础和效益理论而设计，旨在利用最小的司法资源实现打击犯罪的最大效益。而根据我国的刑事司法制度，一切犯罪的人都要受到追究，犯罪嫌疑人应如实供述自己的全部罪行，即使有组织犯罪的成员出来作证也属于被告人供述，只是在量刑时予以酌情考虑。这就导致我国刑事司法制度中不容许污点证人制度的存在。对此，可以在立法中明确规定:对于有组织犯罪的成员，愿意做证人对有组织犯罪进行控诉的，要减轻甚至免除其刑罚。

第四，宽严相济的刑事政策贯彻不够。对于有组织犯罪，要认识到其产生的深刻原因以及存在的长久性，不能指望通过一两次运动式的打击就彻底铲除有组织犯罪，也不能指望单纯的从严惩处就能收到良好的效果。宽严相济刑事政策作为一般刑事政策，对惩治有组织犯罪的司法实践当然具有指导作用。宽严相济的刑事政策的本质是区别对待，既要有力打击和震慑犯罪，维护法律的严肃性，又要尽可能减少社会对抗，化消极因素为积极因素，最大限度地实现社会和谐。在对有组织犯罪成员裁量刑罚时也要坚持区别对待。对于组织者、领导者，要依法予以严惩。对于参加者，也要区别是积极参加者还是一般参加者，对积极参加者要依法严惩，对于一般参加者，要按照其在组织中的实际地位和作用确定其刑事责任。对于受胁迫参加黑社会性质组织，且所起作用较小的，可以减轻处罚或者免除处罚。对于那些与有组织犯罪没有直接关系且没有参与任何犯罪行为的，比如开车的司机、酒店的服务生等，一般不宜作为犯罪处理，如有处理的必要，可以给予治安管理处罚。