特别程序与普通程序的区别在于：特别程序是人民法院审理一些非民事权益纠纷案件所适用的特别程序，与普通程序（包括普通程序和简易程序）的概念相对应。适用的案件有两种：一种是选民资格案件，另一种是非诉讼案件，普通程序是指人民法院审理第一审民事案件时通常适用的程序。从普通程序的基本结构来看，包括起诉与受理、审前准备、审判、诉讼中止与终结、判决与裁定五个环节，一审终审。它不同于普通程序和简易程序审理的民事案件。不是二审而是一审。人民法院依照特别程序审理的案件，自判决书送达之日起发生法律效力，当事人不得上诉。

审判组织不同。特别程序原则上采用独审制。依照民事诉讼法的规定，依照本章程序审理的案件，实行一审终审的原则。组成合议庭，审理选民资格案件和重大、疑难案件；其他案件由审判员一人审理，特别程序的审理期限原则上为30天。根据民事诉讼法的规定，人民法院依照特别程序审理的案件，应当自立案之日起三十日内或者公示期满后三十日内审结。特殊情况需要延长的，由院长批准。但是，有关选民资格的案件应排除在外

审判的目的不同。在特别程序中，人民法院审理案件的目的是确认一定的民事权利或法律事实，而不是解决民事权利义务纠纷。在普通程序中，人民法院的目的是通过审判解决民事纠纷，保护当事人的民事权益。因此，民事诉讼法规定，人民法院在依照本章程序审理案件的过程中，认定案件属于民事权益争议的，劳动争议仲裁案件的专门审理，是指劳动争议仲裁委员会组成专门仲裁庭，审理集体性劳动争议案件的活动《仲裁委员会办案规则》第七章对特殊纠纷案件的申诉作了下列特别规定：（一）仲裁委员会应当自收到申诉之日起三日内作出是否受理的决定集体劳动争议。受理决定同时成立专门仲裁庭，并报当地人民政府。专门仲裁庭由三名以上仲裁员单数组成（二），县级劳动争议仲裁委员会认为必要时，可以将受理的集体劳动争议案件提交市（州）仲裁委员会，（三）处理集体劳动争议案件，特别仲裁庭应当遵循就近原则。审理地点可以设在用人单位或者其他便于办案的地方。（四）集体劳动争议案件由专门仲裁庭在仲裁庭成立之日起15日内审理；案情复杂需要延期的，经仲裁委员会批准，可以适当延期，但延长期限不得超过十五日。（五）调解书、裁决书可以直接送达或者以“通知”的形式公布；（六）特别仲裁庭处理集体劳动争议的结果应当及时向当地人民政府报告。这主要是因为涉及30名以上职工的劳动争议一般比较复杂，处理不好，容易导致社会不稳定。因此，在处理集体劳动争议时，要特别注意速度和及时性，并得到当地人民政府的支持