1、股东变更实质是股权转让，涉及税种有个人所得税和印花税。

2、甲股东将股权转让给其配偶的，可以平价转让，从而不产生股权转让所得，使得个税应纳税额为零。

政策依据：

《中华人民共和国个人所得税法实施条例》

第八条税法第二条所说的各项个人所得的范围：

(九)财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、建筑物、土地使用权、机器设备、车船以及其他财产取得的所得。

国家税务总局关于发布《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》的公告

(国家税务总局公告2014年第67号)

第十条股权转让收入应当按照公平交易原则确定。

第十一条符合下列情形之一的，主管税务机关可以核定股权转让收入:

(一)申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由的;

(二)未按照规定期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的;

(三)转让方无法提供或拒不提供股权转让收入的有关资料;

(四)其他应核定股权转让收入的情形。

第十二条符合下列情形之一，视为股权转让收入明显偏低:

(一)申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的;

(二)申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的;

(三)申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的;

(四)申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的;

(五)不具合理性的无偿让渡股权或股份;

(六)主管税务机关认定的其他情形。

第十三条符合下列条件之一的股权转让收入明显偏低，视为有正当理由：

(一)能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权;

(二)继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人;

(三)相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让;

(四)股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。