1、发生借款协议纠纷是民事纠纷，可以通过以下方式处理纠纷：

(1)、协商解决。双方当事人在平等自愿的基础上，通过友好协商、互谅互让达成和解协议，进而解决纠纷。

(2)、调解解决。在有关组织(如人民调解委员会)或中间人的主持下，在平等、自愿、合法的基础上分清是非、明确责任，并通过摆事实、讲道理，促使双方当事人自主达成协议，从而解决纠纷。

(3)、仲裁解决。纠纷当事人根据纠纷前或者后达成的仲裁协议或合同中仲裁条款向仲裁机构提出申请，由仲裁机构依法审理，作出裁决，并通过当事人对裁决的自觉履行或由一方向人民法院申请强制执行而使纠纷得以解决。

(4)、诉讼解决。当事人通过上述途径解决不成的情况下，可以向人民法院提起诉讼，由人民法院进行判决。

(5)申请支付令。债权人可以写申请书和准备相关证据，向有管辖权法院申请支付令，要求债务人偿还借款。

2、法律依据：

《中华人民共和国民事诉讼法》

第三条人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。

第二百二十一条债权人请求债务人给付金钱、有价证券，符合下列条件的，可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令：

(一)债权人与债务人没有其他债务纠纷的；

(二)支付令能够送达债务人的。

申请书应当写明请求给付金钱或者有价证券的数量和所根据的事实、证据。

《中华人民共和国仲裁法》

第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。

《人民调解法》

第十七条当事人可以向人民调解委员会申请调解；人民调解委员会也可以主动调解。当事人一方明确拒绝调解的，不得调解。

一、个人债务纠纷要注意什么

根据现行法律规定和我国司法实践，避免个人债务纠纷要注意以下几个方面：

1、个人借款可以约定无息借贷，但如果出借人要求借款人偿付逾期利息，经催告不还后出借人要求偿付催告后的利息的，可参照银行同类贷款的利率计息。

2、出借人明知是为了进行非法活动而借款的，法律不予保护。对双方的违法借贷行为，可按照有关法律予以制裁。

3、在借贷关系中，仅起联系、介绍作用的人，不承担保证责任。对债务的履行确有保证意思的，应认定为保证人，承担保证责任。

4、出现纠纷后双方要注意提供书面借据，无书面借据或无法提供的，应提供必要的事实根据或与自己无利害关系的两人以上的证人证言，来支持自己的主张。