对于违法所得没收的情形，由人民法院依法执行。另外，对于贪污贿赂犯罪、恐怖活动犯罪等重大犯罪案件，犯罪嫌疑人、被告人逃匿，在通缉一年后不能到案，或者犯罪嫌疑人、被告人死亡，依照刑法规定应当追缴其违法所得及其他涉案财产的，人民检察院可以向人民法院提出没收违法所得的申请。公安机关认为有规定情形的，应当写出没收违法所得意见书，移送人民检察院。没收违法所得的申请应当提供与犯罪事实、违法所得相关的证据材料，并列明财产的种类、数量、所在地及查封、扣押、冻结的情况。人民法院经审理，对经查证属于违法所得及其他涉案财产，除依法返还被害人的以外，应当裁定予以没收；对不属于应当追缴的财产的，应当裁定驳回申请，解除查封、扣押、冻结措施。

一、没收违法所得程序是怎样的

没收违法所得程序：首先，对违法所得采取一定的强制措施；其次，检察机关提出没收违法所得的申请；然后，法院受理、并进行公告；最后法院作出裁定，终止审理和返还财产。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。

二、违法所得是否扣除成本

需要看具体的情况。

《最高人民法院最高人民检察院关于适用犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得没收程序若干问题的规定》第六条规定，通过实施犯罪直接或者间接产生、获得的任何财产，应当认定为刑事诉讼法

第二百八十条第一款规定的违法所得。法律依据：《最高人民法院最高人民检察院关于适用犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得没收程序若干问题的规定》

第六条通过实施犯罪直接或者间接产生、获得的任何财产，应当认定为刑事诉讼法

第二百八十条第一款规定的“违法所得”。违法所得已经部分或者全部转变、转化为其他财产的，转变、转化后的财产应当视为前款规定的“违法所得”。来自违法所得转变、转化后的财产收益，或者来自已经与违法所得相混合财产中违法所得相应部分的收益，应当视为

第一款规定的“违法所得”。

《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》第二条工商行政管理机关认定违法所得的基本原则是：以当事人违法生产、销售商品或者提供服务所获得的全部收入扣除当事人直接用于经营活动的适当的合理支出，为违法所得。本办法有特殊规定的除外。