员工违反竞业限制协议的，公司可以采取以下方式处理：1、按照协议约定，要求员工支付相应的违约金。根据《劳动合同法》第二十三条规定，劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。也就是说，当双方在竞业限制协议中约定违约金的，公司就可以按照约定，要求员工支付违约金。2、依法要求员工赔偿公司实际损失。根据《劳动合同法》第九十条规定，劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。因此，要是双方没有约定违约金或公司认为违约金过低的，可以要求员工按照实际损失予以赔偿。只是公司提出此项赔偿时，还应该提供证明证实自身损失的金额，否则员工可以不赔偿或适当赔偿部分费用。3、公司在要求员工支付违约金或赔偿损失时，可同时要求员工停止违约行为，继续履行竞业限制协议。4、当公司与员工协商不成时，公司可以收集证据资料向法院提起诉讼，要求员工支付违约金或赔偿损失，同时继续履行竞业限制协议。

违反竞业限制协议有什么后果

违反竞业限制协议有以下两种后果：

1、单位违反，那么劳动者通过法律程序可以追索竞业补偿金或者请求解除竞业限制约定；

2、劳动者违反，那么单位可以要求劳动者按照协议给付违约金或者赔偿相关损失。

约定竞业限制，单位不按约定履行的，劳动者履行了竞业限制义务，可以通过仲裁或者起诉等方式要求用人单位按照劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月平均工资的30％按月支付经济补偿，月平均工资的30％低于劳动合同履行地最低工资标准的，按照劳动合同履行地最低工资标准支付。劳动者也可以以用人单位的原因导致三个月未支付经济补偿，请求解除竞业限制约定。

劳动者违反，不履行规定义务的，单位可以要求其承担违约责任，比如以离开公司上年度的薪酬总额的3倍给付一次性违约金，或者根据实际赔偿单位的损失等等。

特别注意的是：竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。在解除或者终止劳动合同后，竞业限制期限，不得超过二年。

竞业禁止是指根据法律规定或用人单位通过劳动合同和保密协议禁止劳动者在本单位任职期间同时兼职于与其所在单位有业务竞争的单位，或禁止他们在原单位离职后一段时间内从业于与原单位有业务竞争的单位，包括劳动者自行创建的与原单位业务范围相同的企业。

《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条、第九十条

《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释（四）》第十条